在受理阶段，当事人双方可以在人民法院或卫生行政机关的主持下选择鉴定委员会委员，组成鉴定委员会。主持人将公布鉴定委员会成员名单，当事人可以提出回避申请，由有权机关决定是否回避。
在调查阶段，当事人提供相关的申请书、病历等证据。鉴定委员会一般应进行口头调查，并应公开进行。然而，目前的鉴定程序大多采用书面调查，这种方式不利于查明事实，也不利于提供证据和进行充分辩论。整个过程和内容将由记录人记录在案卷中，双方当事人及委托代理人需签名和盖章。
在作出鉴定结论阶段，鉴定委员会的评议应当不公开进行。鉴定主持人负责制作鉴定书。
鉴定书必须全面、客观地反映鉴定的全貌，以使当事人、法官和行政官员能够判断鉴定结论的正确性。因此，鉴定书应当载明当事人及其委托代理人的情况，鉴定委员会委员的基本情况，申请鉴定的理由和请求，双方当事人向行政机关或法院提供的证据，双方当事人及其代理人对此事的定性和依据，鉴定委员会的分析意见，对证据和双方当事人及代理人意见的分析论证，鉴定结论，鉴定委员会的签名和日期。
在分析意见中，鉴定结论应明确病情和结论，医方是否存在过失行为以及过失行为与病情是否有因果关系。鉴定委员会委员应当分别说明自己的意见，并明确事件的性质和事故的等级。
医疗事故鉴定必须按照一定的程序进行，只有符合程序的鉴定才能作为对发生医疗事故的医疗机构和医务人员进行行政处理和进行医疗事故赔偿调解的依据。为了保护专家和医患双方的利益，医疗事故鉴定过程一般不允许旁听。
在我国的医疗事故鉴定程序中，医疗事故的当事人可以委托医学专家或律师出席，当事人及其代理人提供证据，进行质证和辩论。鉴定委员会以中立第三者的身份听取双方意见，并对双方提供的材料的合法性、真实性和合理性进行审查，决定是否采纳。
医疗事故鉴定的程序和要求。医疗机构需按规定向卫生行政部门报告重大医疗过失行为或医疗事故争议当事人的申请。专家鉴定组在事实清楚、证据确凿的基础上，综合分析做出鉴定结论，并制作医疗事故技术鉴定书。医学会将依据法定的受理条件决定是否受理医疗鉴定申请。
医疗事故技术鉴定的费用问题。当事人委托鉴定时需支付费用，如确认为医疗事故则由医疗机构支付，否则由当事人支付。鉴定费用根据参与鉴定的医学专家人数和鉴定级别而定。重新鉴定时不得再次收费。具体收费标准为市级鉴定费用2200元或低于此金额，省级鉴定费用则高于
国务院制定的行政法规《条例》与《民法通则》在处理医疗纠纷中的关系。其中，《条例》主要从行政管理的角度规定医疗事故的技术鉴定程序、赔偿范围和标准等。而法院处理医疗纠纷案件时，主要依据的是《民法通则》，它涵盖医疗损害赔偿，遵循有损害即有赔偿的原则。此外，
医疗事故赔偿案件的法律程序。首先进行医疗鉴定获得证据，划分责任；接着确认事故等级，由卫生行政主管部门提出处理意见；最后强调了申请时效的重要性，当事人应及时提出处理申请，否则法律不予保护。
