单位犯罪，是基于单位意志而实施的行为，单位自首作为单位犯罪后的忏悔行为，当然也是基于单位意志而实施的。那么由谁决定单位的自首意志呢?笔者以为，必须是单位的决策层通过决策惯例形成并以一定的形式做出意思表示，才能代表单位意志。如果只是一般的涉案人员哪怕是直接负责的主管人员或者其他直接责任人员的自首行为，只能认定是个人自首，而不是单位自首。这也是单位自首与个人自首的本质区别。需要指出的是，如果是单位法定代表人做出的决定，该任何认定呢?笔者以为，以单位法定代表人的名义做出的自首，原则上也应当认定是单位自首。因此，对单位犯罪自首的认定，需要把握以下三个方面的问题：
(1)自动投案的实施者只能是其直接负责的主管人员或其他直接责任人员，而不能是单位本身。既然刑法将上述人员的有关犯罪行为作为单位犯罪处理，其自动投案行为实质上也代表了单位。
(2)必须如实交代单位的罪行。单位的罪行是所有涉案的直接负责的主管人员和其他直接责任人员的行为的综合体。因而投案者除了必须如实供述自己的犯罪行为外，还必须交代其所知道的所有其他人员的犯罪行为，否则不能从宽处罚。
(3)关于单位意志的认定是单位自首之关键所在，它必须是单位整体意志的集中体现，即以单位的名义，且经过单位集体研究决定或者由其负责人员决定，如果单位内部在自首问题上有异议，适用少数服从多数原则来认定。
(4)在认定单位犯罪自首时应注意，在判决书中应明确记载成立自首的是单位而非自动投案人员，以示区别。
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现行刑法第31条规定：“单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。本法分则和其他法律另有规定的，依照规定。”刑法的该条规定基本确定了单位犯罪的“双罚制”原则。但是如果刑法分则或其他法律规定只处罚直接责任人员的，则依规定实行单罚，例如刑法典第 107条资助危害国家安全犯罪活动罪，第244条强迫职工劳动罪等单位犯罪便是只处罚单位的直接责任人员，而不处罚单位本身。
对于罚金的确定，1997年刑法主要采取了两种方式：(1)仅仅规定对单位科处罚金，但对于数额没有限定，例如第387条单位受贿罪，第393条单位单位犯罪责任主体认定等。
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