股东转让出资后，可能会导致股东名册与公司记载不一致的情况。为保持股东名册与公司登记之间的一致性，公司应当及时办理变更登记。如果未经登记或未及时办理变更登记，则不能对抗第三人。也就是说，如果第三人通过受让出资等方式成为公司股东并记载于股东名册后，若未在公司登记机关办理相关登记，则不能主张该第三人的股东资格无效。
有人认为股权转让的生效时间应从办理工商变更登记之日起生效，依据是国家工商局在《关于股权转让有关问题的答复》(工商企字[2000]第262号)中的规定。该规定指出，股东转让股权后，受让人直接支付出让人已缴付的出资额，无需向公司重新入资，经公司变更登记后即成为公司股东。
然而，依据这一规定认定股权转让的生效时间是不妥的，理由如下：
股权转让是当事人之间依双方约定而产生的民事法律行为，是双方订立的合同。根据我国《合同法》第四十四条和最高人民法院《关于适用〈合同法〉若干问题的解释》第四条的规定，只有法律、行政法规才有权规定合同应当办理批准、登记手续后生效。目前，我国立法中尚未规定有限责任公司股东转让股权必须在办理工商变更登记手续后方可生效，因此，国家工商局的文件并非法律、行政法规。
国家工商局的《关于股权转让问题的答复》规定与新《公司法》第三十三条第二款的规定即“记载于股东名册的股东，可以依股东名册行使股东权利”相悖。根据法律文件的位阶和新旧，我们应当不予执行国家工商局的规定。
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