1. 建设工程发包过程存在影响结算的不法行为
根据《中华人民共和国建筑法》第十九条规定，建筑工程可以通过招标发包或直接发包两种方式进行。然而，在招标发包工程中，存在着工程招标管理不严的情况。例如，招投标程序违法，对投标单位的资质把关不严，导致无资质的承包方通过挂靠方式获得工程，一旦发包方人事变动，往往会引发工程质量、违约、取费标准等结算纠纷。此外，招投标程序中的串标、泄露标底行为也会导致工程款被人为抬高或压低，引发不公平的竞争和结算纠纷。
2. 工程合同签订存在缺陷
建设工程施工合同是发包方和承包方之间明确权利和义务关系的协议。然而，由于合同条款不严密、前后矛盾、与法律、法规相违背等问题，合同签订存在缺陷。这些缺陷包括合同条款的约定模糊、低于成本、不完整或违反法律规定等。这些问题会导致工程结算时产生争议。
3. 工程建设资金准备存在问题，“三通一平”不充分
建设工程结算纠纷的内在原因之一是建设资金准备不足或被挪用。在施工前期，承包方为了争取工程，常常提出优惠条件，并满足对方的苛刻要求，如带资或垫资承包。然而，在竣工结算时，承包方会提出利息或工期等问题，引发结算纠纷。此外，基本建设项目开工的前提条件是“三通一平”，如果建设方未按合同规定及时完成准备工作，如设计资料提交、施工场地交付等，“三通一平”结算审核就会引发纠纷。
1. 工程量、工程质量引发结算纠纷
在招标工程中，中标价在竣工决算时，工程量可能发生变更。这时，需要确定是重新计算投标书部分还是只计算变更部分。此外，投标书中的材料价格在竣工决算时是否可以调整也会引发纠纷。工程施工过程中的设计变更、自检资料不完整、签证手续不健全、成品材料合格单缺失等问题，以及自然因素的影响，都可能引起结算纠纷。
2. 工程监理问题
部分工程未聘请社会监理公司进行监理，或由于监理人员素质和资质问题，导致工程监理不公正。这也会引发结算纠纷。
1. 以甩项为由拒不结算工程款
根据《合同法》和《建设工程质量管理条例》的规定，工程验收由业主负责。然而，一些业主可能故意拖延验收，以工程质量不合标准或甩项工程为由拒不结算工程款。
2. 委托结算机关不权威
在工程结算时，双方往往会委托独立的结算机构进行结算。然而，施工单位可能高估冒算，建设单位可能片面压价，引发纠纷。
1. 严格工程招标管理，按照法定程序和方式进行招标发包，避免违法行为。
2. 在合同签订过程中，要求有建筑工程方面的律师参与，确保合同条款严密、明确，符合法律法规和技术规范。
3. 加强立项管理，确保建设工程资金充足到位，避免后续的结算纠纷。
4. 在施工合同签订之前，做好准备调查工作，确保基本建设项目的前提条件满足，如“三通一平”。
1. 严格控制设计变更，避免扩大建设规模和增加工程内容。
2. 做好隐蔽记录工作，完善现场签证手续，及时解决索赔争端问题。
1. 规范业主、承包商、政府有关部门的行为，遵守工程验收制度，避免故意拖延验收或拒不结算工程款。
2. 委托资深造价师主持结算工作，确保结算过程公正、客观。
3. 如出现结算纠纷，首先通过协商解决，若无法达成一致，可请中介调解或起诉到人民法院。
由于建筑工程的复杂性和特殊性，结算纠纷是不可避免的。然而，通过采取预防措施，可以减少结算纠纷的发生，保障工程的顺利进行。
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