工程司法鉴定主要包括工程质量和工程造价司法鉴定。然而，《司法鉴定收费管理办法》并未对工程司法鉴定收费的标准做出明确规定。根据实际情况，各省级价格主管部门会与同级司法行政部门联合制定价格管理相关规定。
工程司法鉴定收费纠纷的处理方式如下：
对于违反司法鉴定收费管理规定的行为，可以向司法鉴定机构的主管部门、省市级司法局进行投诉。
对于因司法鉴定收费产生争议的情况，司法鉴定机构应与委托人进行协商解决。如果双方协商不成，可以申请仲裁或者依法向人民法院提起诉讼。
（1）司法鉴定机构接受司法机关、仲裁机构的司法鉴定委托。
（2）在诉讼案件中，当事人负有举证责任的情况下，司法鉴定机构也可以接受当事人的司法鉴定委托。当事人一般通过律师事务所委托司法鉴定。
司法鉴定机构在收到委托书后，应对委托人的委托事项进行审核，并做出以下决定：
（1）对于符合受理条件且能够即时决定受理的，司法鉴定机构应与委托人签订《司法鉴定委托受理合同》。
（2）对于不能即时决定受理的，司法鉴定机构应向委托人出具《司法鉴定委托材料收领单》，并在收领委托材料之日起7日内作出受理决定。
（3）对于不符合受理条件的，司法鉴定机构应退回鉴定材料并向委托人说明理由。
（4）对于函件委托的，司法鉴定机构应在收到函件之日起7日内书面答复是否受理。
司法鉴定机构接受委托后，由指定的司法鉴定人或经委托人申请并经司法鉴定机构同意的司法鉴定人完成委托事项。
在以下情况下，司法鉴定机构可以接受委托进行补充鉴定：
（1）发现新的相关鉴定材料；
（2）原鉴定项目有遗漏。
在以下情况下，司法鉴定机构可以接受委托进行重新鉴定：
（1）司法鉴定机构或司法鉴定人超越业务范围或执业类别进行鉴定；
（2）送鉴材料虚假或失实；
（3）原鉴定使用的标准、方法或仪器设备不当，导致原鉴定结论不科学、不准确；
（4）原鉴定结论与其他证据有矛盾；
（5）原司法鉴定人应当回避但未回避；
（6）原司法鉴定人因过错出具错误鉴定结论。
对鉴定结论有异议并需要进行复核鉴定的情况下，其他资质较高的司法鉴定机构可以接受委托进行复核鉴定。除鉴定材料外，还应提交司法鉴定文书。
司法鉴定机构在法定或约定的鉴定期限内完成司法鉴定后，应按时出具司法鉴定文书。司法鉴定文书正本一式三份，其中一份交委托人，两份由司法鉴定机构存档。
司法鉴定人应按照司法机关或仲裁机关的要求准时出庭。司法鉴定人出庭时，应出示《司法鉴定人执业证书》。
以上是关于工程司法鉴定收费标准的详细介绍。工程司法鉴定收费一般根据当地的实际经济水平及其他情况进行收费，国家并没有明确的规定。对于因工程司法鉴定收费产生纠纷的情况，双方可以通过协商解决或者申请仲裁。如果您还有其他法律问题，建议咨询专业律师。
引用法条：《司法鉴定收费管理办法》
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