股票质押融资只能获得资金，无法做空。融资融券可以获得资金或证券，融得的资金可以增强多方力量，融得的证券可以增强空方力量，因此融资融券是一种既可做多又可做空的双刃剑。
这是两者最大的区别。股票质押融资获得的资金可以不用于购买上市证券，但国家对其融得资金的用途会有一定要求。例如，证券公司通过股票质押融资取得的资金只能用于弥补流动资金不足，不能用于其他用途。融资融券中的融资，获得的资金通常必须用于购买上市证券，增强了证券市场的流动性，并在一定条件下加速了证券市场价值的发现功能。因此，融资融券与资本市场的联系更为紧密，而股票质押融资可能既涉及资本市场，也直接涉及实体经济。此外，与股票质押融资类似的概念是股权质押融资，主要指以非上市公司股权提供担保以融通资金。
股票质押融资和融资融券都需要担保物作为融入方的信用保证。股票质押融资主要以取得现金为目的，因此担保物不能是现金，而是有价证券，如上市公司股票、证券融资基金和公司债券等。融资融券中，担保物可以是股票或现金。
股票质押融资通常由银行、典当行等机构办理，资金融出主体与融资融券有明显区别。融资融券在不同国家采取了不同的运作模式。例如，在美国采用市场化分散授信模式和日本采用专业化模式下，融出资金的中介机构有证券公司和金融公司，但最终资金融出方通常是银行。而我国采用的运作模式规定资金融出的直接主体是证券公司，即证券公司通过自有资金和证券向客户提供融资融券服务，同时确立了金融公司向证券公司提供转融通的制度。
一般而言，融资融券相比股票质押融资，风险可控程度更高。由于融资融券所获得的资金或证券都有专门的账户记录，因此监控其市值变化、测算风险程度和要求追加保证金相对容易。此外，融资融券的杠杆比例可以根据情况调整，在市场整体风险较小时可适当放大杠杆比例，反之则可收紧。股票质押融资实质上是质押贷款，其资金用途虽然可能会有限制，但监控难度明显较大，当股票市值下跌时，借款债权的风险也随之增加。
融资融券是一种标准化的产品，交易规则和合约细节都有明确具体的安排或规定。而股票质押融资则不是一种标准化产品，本质上更体现了一种民事合同关系，具体的融资细节由当事人双方协商约定。
对个人融资者而言，如果融资的目的是用于购买股票，融资融券和股票质押融资可以达到相同的效果，但对机构融资者的影响不同。例如，对于证券公司而言，融资融券拓宽了业务收入渠道，是一个基于创新产品的盈利增长点，而股票质押融资对券商的盈利能力没有改变，融来的资金只能用于补充流动资金不足。
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