根据我国《继承法》第5条规定，继承开始后，遗嘱可以否定法定继承，遗赠扶养协议可以否定遗嘱继承或者遗赠。当法定继承、遗嘱继承和遗赠扶养协议同时存在时，遗赠扶养协议具有最高效力。只有在没有遗嘱和遗赠扶养协议的情况下，才能按照法定继承办理。
张先生与伯父订立了一份书面协议，约定在伯父生前由张先生赡养，死后由张先生安葬，并作为回报，伯父遗留的三间房屋归张先生所有。协议由邻居作证明。然而，在伯父去世后，其女儿出示了一份遗嘱，遗嘱中明确规定遗产归女儿所有。女儿以这份遗嘱为依据，剥夺了张先生对房屋的继承权。
根据《继承法》第31条规定，公民可以与扶养人签订遗赠扶养协议，扶养人承担生养死葬的义务，并享有受遗赠的权利。在本案中，伯父订立了遗赠扶养协议，并在去世前立下了一份继承遗产的遗嘱。根据《继承法》第5条的规定，遗赠扶养协议具有优先效力，当法定继承、遗嘱继承和遗赠扶养协议同时存在时，只能按照遗赠扶养协议办理继承事务。
根据相关司法解释，如果被继承人生前与他人订有遗赠扶养协议，并且同时立有遗嘱，继承后，如果遗赠扶养与遗嘱没有抵触，遗产将按照协议和遗嘱分别处理。如果存在抵触，将按照协议处理，与协议抵触的遗嘱全部或部分无效。
因此，根据法律规定，伯父遗嘱中关于房屋归女儿所有的部分是无效的。根据张先生与伯父的遗赠协议约定，房屋应归张先生所有，其他遗产则由堂姐按照遗嘱继承。
遗赠扶养协议在法律上具有优先效力，这是为了促进老有所养的风气，保障老人能够得到适当的赡养。因此，建议那些贪图父母财产的子女，要善待自己的父母，以免被遗赠扶养协议排除在外。正如古语所说：“树欲静而风不止，子欲养而亲不待”，否则迟早会后悔莫及。
遗赠扶养协议的签订问题。遗赠扶养协议的扶养人不能是法定继承人，而可以是公民或其他集体所有制组织。协议具有高于法定继承和遗嘱继承的法律效力，双方需严格遵守。若一方违约，将产生相应的法律后果。
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