1、按合同约定的计价标准或计价方法结算。
2、施工合同无效，工程竣工验收合格，仍可以参照合同约定结算。
施工方与建设方在备案合同之外，另行签订的施工合同(协议)等，在结算时，若该另行签订的合同(协议)与经过备案的中标合同的实质内容不一致的，应当以备案合同作为结算的依据。
1、施工合同的效力问题。
2、合同无效是否应进行结算。
3、备案合同和“补充协议”即黑白合同不一致，在结算时应采纳哪一份合同作为结算的依据问题。
4、对于建设部推荐施工合同版本通用条款中涉及的发包方逾期不结算是否视为认可送审价的问题。
5、工程款结算采取何种标准的问题。
6、诉讼中，造价司法鉴定(司法审价)的范围。
7、关于工程质量、工期、农民工利益等问题。
在最高人民法院的《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》(以下简称“司法解释”)出台前，这些争议问题，往往不同地区不同法院作出了不一样的认定。随着司法解释及相关批复的出台，在实践中统一了大家的认识，有不同意见的，也只能叫学理解释或“一家之说”，作为目前实务还应当遵循司法解释的规定才行。
1、承包人未取得建筑施工单位资质或者超越资质等级。
2、没有资质或没有相应资质的实际施工人借用有资质的建筑施工单位名义的，通常说的“挂靠”。
3、必须招标的未进行招投标或中标无效。
4、违法分包。
5、转包。
实践中，工程合同约定涉及的原则：
1、价格标准，约定采用定额，还是清单方法。
2、工程量核定及调整的约定，特别是各种变更情况下的工程量调整原则。
3、关于签证的原则，怎样才是有效的签证，其形式和内容的要件的约定，以及有效授权的要件，约定明确的管理流程。
工程项目中的风险及其法律管理问题。文章指出，投标报价价格风险、工程量风险和合同条款风险是工程项目的主要风险。承包商需要进行科学严密的风险分析，并重视合同管理，从风险规避角度进行项目风险管理。文章还指出承包商在合同管理中存在的差距，并提出风险规避的具体
建筑工程合同的程序及建设工程合同的解除。建筑工程合同程序包括合同订立的原则和承包人与发包人订立合同的程序。建设工程合同的解除包括法定解除和协议解除两种形式，并从发包人和承包人两个方面详细说明了合同解除权的行使情形。
施工索赔的原因及其影响。随着技术和工艺的进步，建筑过程难度和复杂性增加，导致设计变更和费用变化；合同文件矛盾、用词不严谨引发工程索赔；索赔与建筑业经济效益低下有关，双方常因建筑成本增加而预算紧张，采用不同管理模式易引发索赔等问题。
兰埔花园园林工程的承包合同内容。工程包括园建、绿化等部分，按双方会审图纸要求施工。工期从某月日至某月日，共个日历天。合同价款为人民币壹佰零捌万元整。乙方包工、包料、包质量等。付款办法分为四阶段，同时约定了工程质量和验收结算的要求，以及延期违约的责任承
