依据我国相关司法解释的规定，建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，要依据不同的情况进行处理。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》
第二条 建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。
第三条 建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：(一)修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持; (二)修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。 因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。
房屋登记审查方式的确立问题。在确立审查方式时，应考虑公平因素和效率因素。我国应采取“契约公证+实质审查”模式，既进行形式审查，又对有合理怀疑的申请进行实质审查。此外，房屋登记存在的问题包括登记主体不统一、登记程序不规范以及房屋权属登记的内容不具体等。
无效合同的处理方式，包括返还财产、赔偿损失和追缴财产。对于无效合同，当事人应将取得的财产返还给对方，如果无法返还则通过赔偿经济损失的方式抵偿。有过错的一方应赔偿对方损失，双方都有过错的各自承担相应责任。追缴财产针对违反国家利益和社会公共利益的合同。此
工程未完工时工程施工费用的处理方法，包括合同被认定为无效的情况及相应的处理方式。根据法律规定，承包人只有在竣工验收合格后才有资格主张工程款。针对拖欠工程款的问题，承包人可以向法院提起诉讼并采取相应的措施来中断诉讼时效以保障自身权益。
合作共建合同的合法性。根据《中华人民共和国合同法》的规定，只要合同符合法律法规，真实反映当事人意愿，不损害国家、集体或第三人利益，且不属于合同无效情形，该合同就是合法的。合同中关于造成对方人身伤害或故意造成财产损失的免责条款是无效的。
