首先，应当符合加工贸易合同变更的申请条件。其申请条件如下：
1、经营企业和加工企业已取得海关核发的加工贸易登记手册;
2、经营企业已签订加工贸易变更合同;
3、申请变更的加工贸易合同已由商务部门审核批准;
4、合同的变更应在原合同的有效期内。
其次，是需要提交相应的文件材料。申请变更时应提交的文件：
1、商务主管部门签发的有效的《加工贸易业务批准证变更证明》;
2、经营企业签订的加工贸易变更合同;
3、海关核发的加工贸易登记手册;
4、合同变更申请书;
5、《加工合同备案申请表》、《进口料件备案申请表》、《加工出口成品备案表》、《单耗备案申请表》(填写变更部分);
6、经预录入的“企业加工合同备案呈报表”(变更部分);
7、为确定变更后的单耗和损耗率所需的资料;
8、海关认为需要提交的其他证明文件和材料。
(一)办理步骤
1、材料受理
申请人向海关递交材料。海关受理后进行初审。
2、海关审核
海关根据规定审核企业的加工贸易变更合同和各项资料是否符合国家和海关的有关规定。
3、变更台账
经海关审核通过的合同，需到中国银行设变更银行保证金台账(AA类企业的所有合同，A、B类企业变更后不超过一万美元的合同除外)。
4、核发手册
按规定已变更银行保证金台账或不需变更台账的合同，由主管海关核发变更后的加工贸易登记手册，企业凭以办理加工贸易货物的进出口手续。
(二)办理时限：
自出具《受理通知书》起二十个工作日内。
合同变更，以原合同关系的存在为前提，变更部分不超出原合同关系之外，原合同关系有对价关系的仍保有同时履行抗辩;原合同债权所有的利益与瑕疵仍继续存在，只是在增加债务人负担的情况下，非经保证人或物上保证人同意，保证不生效力;物的担保不及于扩张的债权价值额。
合同变更原则上向将来发生效力，未变更的权利义务继续有效，已经履行的债务不因合同的变更而失去法律根据。合同的变更不影响当事人要求赔偿损失的权利。至于何种类型的合同变更与损害赔偿并存，应视具体情况而定。例如，基于情事变更原则而变更合同，不存在损害赔偿;因重大误解而成立的合同予以变更，在相对人遭受损失的情况下，误解人应赔偿相对人的损失。
合同变更是合同关系的局部变化(如标的数量的增减、价款的变化、履行时间、地点、方式的变化)，而不是合同性质的变化(如买卖变为赠与，合同关系失去了同一性，此为合同的更新或更改)。合同标的的变更是否属于合同变更，理论界有不同看法(关键在于变更协议是否以原合同的主要权利义务为基础)。《合同法》规定当事人协商一致，可以变更合同。 法律、行政法规规定变更合同应当办理批准、登记手续的，依照其规定。当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。
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