各地方建设行政主管部门和行业协会拟定的招标代理合同示范文本格式条款不完善，监管机构对于备案的招标代理合同审查不严格。同时，招标代理合同相关的配套文件不完善。我国有关建设工程招投标的法律、法规的实行为招标代理合同的签订奠定了良好基础，但在执行过程中，仍然存在许多不完善或有待明确的地方。如：
(1)《招标代理服务收费管理暂行办法》中有关勘察、设计、咨询、监理等服务招标的招标代理收费标准的基数为勘察、设计、监理等的中标价的服务招标来收取代理费，其收费标准明显偏低，在实际项目代理的过程中，招标代理机构在支付5-7人专家评委费后，所收得的服务费还存在亏本的现象。
(2)《招标代理服务收费管理暂行办法》中规定单独提供编制招标文件(有标底的含标底)服务的，可按规定标准的30%计收。根据招标代理工作的实际情况，编制招标文件及工程标底占有招标代理业务中很大的一部分工作量，特别是各专业的人员配备，仅按规定标准的30%计收费用，显然不尽合理。
(3)《招标代理服务收费管理暂行办法》规定招标代理服务收费实行政府指导价，并给出了全过程招标代理服务收费标准，但对非全过程招标代理的情况没有给出确定的收费标准。
(4)《招标代理服务收费管理暂行办法》中招标代理服务收费采用差额定率累进计费方式，上下浮动幅度不超过20%。目前招标代理合同签订时，招标人不具体分析委托项目估算价，均要求下浮20%。
公开招标报名不足三家时的法律处理办法。根据相关规定，如果提交投标文件的投标人少于三个，招标人应重新招标。无效投标文件将被拒绝。重新招标后若仍不足三家，对于必须经过审批的项目需报经原审批部门批准，其他项目则可根据招标人自行决定处理方式。
公开招投标程序的详细步骤。从项目审批开始，到招标工作启动、招标策划、编制招标文件、发布招标公告或投标邀请、招标文件澄清、开标、评标、评标报告和中标通知，最后签订合同。过程中可加入资格预审环节，对投标人资格进行审查。
合作管理协议的具体内容，包括前期经营管理、合同管理、合作模式、人力资源管理、财务资金管理和项目管理等方面。协议规定乙方需缴纳保证金和承担相关费用，甲方负责投标报价和主合同文件的评审，双方共同管理资金并分担项目管理费用。此外，乙方还需负责现场管理、费用
在工程建设项目中，建设单位指定分包工程承包人的法律规定。依据相关法律，建设单位不得直接指定分包人，必须通过招标程序确定分包工程承包人。同时，招标人、监理人员、行政部门的责任及违法行为处理也进行了详细阐述。若违反规定，影响中标结果，中标将被视为无效。
