小产权房与普通商品房在法律性质上存在差异。购买小产权房时，合同纠纷难以得到等同保护，因为小产权房缺乏普通商品房所具备的法律保障。
相比商品房，小产权房在开发建设过程中缺乏监管，因此其质量问题出现的概率较高。
由于小产权房无法办理合法的产权手续，购买后无法合法转让过户，这对房产价值产生了极大的影响。
对于小产权房，若遇到国家拆迁，很难获得相应的拆迁补偿。即使有补偿，金额也往往少于拥有房产证的房屋。
对于被征地的村或者村民小组建制撤销的，以及建制虽然不撤销，但不具备易地建房条件的情况，被拆迁人可以选择货币补偿，也可以选择与货币补偿金额等价值的产权房屋调换。具体计算公式为(被拆除房屋建安重置单价结合成新+同区域新建多层商品住房每平方米建筑面积的土地使用权基价+价格补贴)×被拆除房屋的建筑面积。
对于被征地的村或者村民小组建制不撤销且具备易地建房条件的情况，被拆迁人可以在乡(镇)土地利用总体规划确定的中心村或居民点范围内申请宅基地新建住房，并获得相应的货币补偿。计算公式为(被拆除房屋建安重置单价结合成新十价格补贴)×被拆除房屋的建筑面积，同时还需承担新宅基地所需费用。
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