仲裁协议的独立性原则，又称为仲裁协议的“分离性”或“自治性”，是指合同中的仲裁条款与主合同是可分的，仲裁条款虽然附属于主合同，但与主合同形成了两项分离或独立的契约。根据这一原则，仲裁条款不受主合同有效性的影响，即使主合同无效，仲裁条款仍然有效。
仲裁条款具有相对独立性，其有效性不受主合同有效性的影响。即使合同无效，仲裁条款仍然有效。法官对于该原则作了较为形象和准确的诠释：“当事人之间签订一项包含仲裁条款的协议时，他们之间形成了两项而不是一项协议，其中，仲裁协议在其主合同自始无效或失效时仍保持其效力。”
更进一步的学者提出了“完全自治”的概念，即仲裁条款在主合同无效、终止或根本不存在的情况下，仍然保持有效。
仲裁协议独立原则的产生、确立及得到国际商事仲裁界的普遍接受经历了相当长的历史过程。
传统观点认为仲裁条款是与主合同不可分离的一部分，主合同无效，合同中的仲裁条款也归于无效。然而，这种观点将仲裁庭有权审理合同有效性争议的可能性排除在外，使仲裁制度失去了其存在的基础。
仲裁协议独立原则的确立对于仲裁制度的维护及仲裁的发展具有积极的法理意义。特别是，仲裁协议独立原则为“管辖权/管辖权”原则的确立提供了法理基础。
“管辖权/管辖权”原则是指仲裁庭有权就其自身的管辖权作出决定。仲裁协议独立原则规定了仲裁条款的自治，而“管辖权/管辖权”原则则是规定仲裁员有权决定其自身的管辖权。仲裁协议独立原则为仲裁员对有关争议行使管辖权决定主合同及仲裁协议有效性问题创造了条件，可以说“管辖权/管辖权”原则是仲裁协议独立原则的必然结果。
仲裁条款的独立性减轻了仲裁庭自裁管辖的审理负担。由于仲裁条款是独立的，仲裁庭在确定仲裁协议是否存在及其有效性时，只需查明和审查仲裁协议的有关内容，不一定去审查整个合同，更不用确定整个合同的效力。
仲裁协议独立原则的设立和发展反映了国际实践对仲裁的支持，它与管辖权/管辖权原则均被认为是现代仲裁制度中的两项重要原则。
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