草案第六条规定，省级政府可以在本法规定的税额标准基础上上浮应税污染物的适用税额。然而，有些常委会委员和地方、部门、企业认为适用税额直接影响纳税人的税收负担，按照税收法定原则，应对上浮适用税额的上限或幅度进行规定，以避免地区间税负差异过大。
全国人大法律委员会经研究后，建议对草案相关规定进行修改。首先，在本法所附《环境保护税税目税额表》中直接规定大气污染物和水污染物的税额幅度，限定为最多10倍。即大气污染物每污染当量的税额范围为1.2元至12元，水污染物每污染当量的税额范围为1.4元至14元。其次，规定应税污染物的具体适用税额由省级政府在本法所附《环境保护税税目税额表》规定的税额幅度内提出，并报同级人大常委会决定，再报全国人大常委会和国务院备案。
草案第十三条规定，纳税人排放应税大气污染物和水污染物的浓度值低于国家或地方规定的污染物排放标准的50%的，减半征收环境保护税。然而，有的常委会委员和地方、部门、企业认为应当根据减排的幅度确定更多档次的税收减免，以更好地激励企业减排。实践中，一些地方已经根据减排幅度实行了多档减免政策。
全国人大法律委员会经研究后，建议增加一档税收减免的规定。将上述规定修改为：纳税人排放应税大气污染物和水污染物的浓度值低于国家和地方规定的污染物排放标准的30%的，减按75%征收环境保护税；低于50%的，减按50%征收环境保护税。
全国人大法律委员会经研究认为，保留“环境保护税法”的名称有利于今后更好地保护生态环境，并为相应的税制改革留出空间。据此，建议对本法的名称不作修改。
海域禁止排放的物体种类及其相关规定。油类、酸液、碱液、剧毒废液、高、中水平放射性废水等禁止排放。对含有机物、重金属、病原体的废水，以及含热废水的排放也有严格管理。保护海洋环境，需对各类废水排放进行严格限制和管理。
非法排污水，按照分类的要求进行罚款处罚，造成严重污染的，追究其刑事责任。《中华人民共和国环境保护法》第五十九条规定 企业事业单位和其他生产经营者违法排放污染物，受到罚款处罚，被责令改正，拒不改正的，依法作出处罚决定的行政机关可以自责令改正之日的次日起
凡直接向环境排放污染物的单位和个体工商户，应当依照《排污费征收使用管理条例》的规定缴纳排污费。县级以上人民政府环境保护行政主管部门应按照国家计委、财政部、国家环保总局、国家经贸委《排污费征收标准管理办法》规定征收排污费。《排污费征收标准管理办法》中明
有时还可根据废水中主要污染物种类命名，如含酚废水、含丙烯腈废水、酸性废水、含铬废水等这种分类方法主要用于废水处理技术的研究与讨论。高浓度有机废水常采用厌氧生物处理法与好氧生物处理法结合处理，酸、碱废水用中和法处理，重金属废水用离子交换、吸附法等物化法
