财产的所有权是绝对权利，除非标的物灭失，所有权人之外的任何人都不能妨碍所有权人行使权利。财产所有权具有永恒性，不会因为诉讼时效的超过而消失。因此，农村房屋确权之诉不适用诉讼时效规定。
产权登记制度是不动产所有权公示的一种方式，具有很强的公信力。特别是不动产登记制度是确认不动产所有权的唯一方式。如果适用诉讼时效规定，将使得不动产登记制度失去意义。
设置诉讼时效的目的是为了稳定财产关系，所有权明确与否是判定财产关系是否稳定的重要依据。在农村房屋确权案件中，所有权非常明确，属于A马某所有。如果适用诉讼时效制度，则不符合诉讼时效设计的初衷。
法院裁判的特点是支持原告意味着否定被告，否定原告意味着支持被告。从某种意义上说，法院的判决也是对是与否的选择。在农村房屋确权案件中，如果法院支持了被告的抗辩事由，即承认了被告主张的使用该房屋已满20年，就意味着承认了取得时效制度。然而，我国并不存在取得实效制度。
《民法通则》没有明确规定房屋所有权是否适用诉讼时效制度。然而，通过对《民法通则》中诉讼时效制度相关条款的分析，可以得出结论：诉讼时效仅适用于债权以及债权的请求上的救济权。法学界普遍认为，与相关事实关系和相关法律关系始终存在的权利以及处于被侵占状态的权利都不适用诉讼时效，这也是司法实践中常见的做法。
根据《中华人民共和国民法总则》：
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护；有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
下列请求权不适用诉讼时效的规定：
(一) 请求停止侵害、排除妨碍、消除危险；
(二) 不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产；
(三) 请求支付抚养费、赡养费或者扶养费；
(四) 依法不适用诉讼时效的其他请求权。
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