在刑法学界和司法实务界，对于在实施分裂国家行为中同时实施危害国家安全或其他犯罪行为的处理存在着几种不同的观点。有人认为，应当对其定数罪，实行数罪并罚；也有人认为，应当按照处理牵连犯或吸收犯的原则从一重处断；还有人认为，应当根据具体情况具体处理。
行为人在实施分裂国家罪的过程中，如果其客观行为符合其他犯罪构成要件，而构成想象竞合犯时，如行为人以分裂国家为目的，指挥所谓的“民族迁徙”、“民族回归”而非法越境的，不仅构成分裂国家罪，也构成组织他人偷越国(边)境罪。对于实施分裂国家罪的犯罪人，符合想象竞合犯的特征，只能按照处理想象竞合犯的原则，以分裂国家罪一罪论处。
如果行为人勾结外国，指挥所谓的“民族迁徙”、“民族回归”，则行为人的行为具备背叛国家罪的性质。如果行为主体符合背叛国家罪的条件，则同时又构成背叛国家罪，这种情况最好也以本罪论处。
如果行为人实施的分裂国家行为牵涉到其他犯罪，如组织分裂国家、破坏国家统一的犯罪活动，故意煽动民族仇恨、民族岐视，激起他们的愤恨与反抗，进而组织他人实施分裂国家活动的，涉及手段行为与目的行为牵连的情形，应当按照处理牵连犯的原则从一重罪即本罪从重处断。如果实施的其他行为被本罪行为所吸收，如行为人首先煽动他人实施分裂国家、破坏国家统一的行为，继而又组织他们实施分裂国家、破坏国家统一行为的，从犯罪构成上，行为人实施了前后两个犯罪行为，符合两个犯罪构成，即煽动分裂国家罪和分裂国家罪。根据高度行为吸收轻度行为的处理吸收犯的原则，应当以分裂国家罪论处，不必实行数罪并罚。
主张具体问题具体分析的观点，并不同意一概以一罪论处的结论。对于那些在实施分裂国家行为的过程中，其构成特征又符合其他犯罪的，如果分裂国家行为与其他犯罪行为具有包容关系、竞合关系、吸收关系或者牵连关系，应当分别按照刑法上处理法条竞合、想象竞合、吸收犯或者牵连犯的原则从一重处断。例如，破坏国家统一而成立具有黑社会性质的犯罪组织或者在出版物中刊载岐视、侮辱少数民族的内容的，成立牵连犯；先煽动一部分群众分裂国家又参与其中实施分裂国家的具体犯罪行为的，教唆或者帮助行为被实行行为所吸收；勾结外国分裂国家的，成立本罪与背叛国家罪的竞合，应当以一重罪即背叛国家罪论处。如果另行实施的其他犯罪行为与分裂国家行为不存在上述包容关系、竞合关系、吸收关系或者牵连关系，恐怕不能以一罪论处，只能实行数罪并罚。
根据《刑法》第103、113条的规定，犯本罪的处理如下：
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