犯本罪的，对首要分子，处三年以上七年以下有期徒刑;其他积极参加的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。
本罪只追究聚众扰乱军事管理区秩序的首要分子和积极参加者的刑事责任，而不追究一般参与者。“首要分子”，是指在聚众扰乱军事管理区秩序犯罪活动中起组织、策划、指挥作用的犯罪分子;“积极参加的”，是指主动参加扰乱军事管理区秩序犯罪活动的，在实施犯罪起了重要作用或者有其他犯罪行为的等。
对聚众扰乱军事管理区秩序的首要分子，在判处主刑的同时，一般也应附加剥夺政治权利。
(一)区分本罪与非罪的界限
本罪以聚众扰乱军事管理区秩序“情节严重”，“致使军事管理区工作无法进行”，“造成严重损失”作为犯罪构成要件。认定时，这三个条件必须同时具备，缺一不可。否则，不构成犯罪。情节轻微，尚不够刑事处罚的，比照《治安管理处罚条例》第十九条处罚。
(二)区分本罪与聚众扰乱社会秩序罪的界限
聚众扰乱社会秩序罪，是指聚众扰乱社会秩序，情节严重，致使工作、生产、营业和教学、科研无法进行，造成严重损失的行为。两罪在犯罪主体、主观方面、客观方面相同或者近似，其主要区别在于：一是犯罪客体不同。前者侵犯的直接客体是军事管理区秩序;后者侵犯的直接客体是社会管理秩序。二是犯罪对象不同。前者的犯罪对象是军事管理区，后者的犯罪对象是非军事管理区。
煽动军人逃离部队罪的认定及其构成要件。在认定方面，文章明确了本罪与非罪、一罪与数罪的界限。在构成要件方面，文章详细阐述了客体要件、客观要件，重点说明了煽动行为的形式和内容，包括书面、口头及其他现代化科技手段的煽动方式，以及使军人逃离部队的严重后果。
阻止军事行动罪的定义和要件，包括客体要件、客观要件、主体要件和主观要件。同时，文章还阐述了阻止军事行动罪的确定，包括罪与非罪的边界、与阻止武士履行职务罪的边界以及以装备暴动、暴动方法阻止军事行动的行为的性质的确定。犯阻止军事行动罪的，可处以五年以下有
雇用逃离部队军人罪的概念、构成及其要素。该罪是指非军职人员明知对方是逃离部队的军人而将其接收、聘用，情节严重的行为。文章详细解释了该罪的客体、客观、主体和主观要件，并阐述了犯罪行为的性质及处罚原则。
战时窝藏逃离部队军人罪的构成要件。侵犯客体是战时部队兵员管理秩序。客观方面表现为为逃离部队的军人提供隐蔽处所和财物。主体为达到刑事责任年龄、具备刑事责任能力的自然人。主观上要求明知是逃离部队的军人而提供帮助。对逃离部队的军人进行收留、资助，若确属不知
