当前医院基建项目审计工作主要是对项目完工后进行的决算审计，无法对基建工程进行全过程的监督，特别是基建维修项目，审计部门根本就无法掌握情况。管基建维修的科室不及时整理送审资料，有的维修项目已维修了好几年还没有结账。甚至维修项目已拆除还没结账，以致于维修项目中的许多内容无法核实，建设过程中存在的问题无法及时发现，审计监督根本就到不了位。
许多单位领导没有信息化管理意识，不愿意投入更多的经费在审计工作上，有的审计科电脑都没有，即便有电脑也没有配备基建审计软件，审计还是采用手工方法进行核对，这样不仅工作量大，而且数字核对不准，效率低下，严重影响了审计工作的开展。有的单位由于缺乏专业审计人员，根本就不进行审计，直接根据施工方的送审价进行打折，造成送审方虚报送审价。
审计是由专职机构和人员对被审计单位的财政、财务收支及其他经济活动的真实性、合法性和效益性进行审查和评价的独立的经济监督活动。审计的基本职能是监督，而且是经济监督，是以第三者身份所实施的监督。目前，许多医院管基建维修的科室没有配备专门的基建预决算员，只知道让基建队人员施工，不要求对方做预算图和造价预算，协商项目也不与对方谈价，仅仅是在结算时核对一下工程量，根本就不知道套定额，最后谈价和套定额的任务就落到了审计部门身上。审计部门变成了既是执行者，又是监督者，导致职责不清，容易引起腐败现象的发生。
单位领导不重视内审工作，内审机构不健全，人员配置不合理。有的将纪检、监察、审计放一个部门办公，还有的虽然设立了工程审计岗，但不是专业工程审计人员，有的即使是配备了专业工程审计人员，但人员配置不是根据工作任务、工作量而定的，随意配置1至2人，导致从事工程审计的人员数量少与工程审计任务繁重的矛盾日益突出，造成工程审计人员长期超负荷工作，严重影响了工程审计的效果。
按照审计法的相关规定，基建项目达到一定的金额就必须请社会中介机构进行审计。在委托社会中介机构开展审计工作中，往往会存在一些问题，而医院却无法进行有效的监督管理。1、在实施审计过程中，受托社会中介机构串通被审计人或单位，泄露与被审计项目有关的秘密，严重违反职业道德，给医院造成经济损失。2、对有害于医院经济利益。争议较大的方面，不经院方代表到场，私自拍板定案。3、在套用定额和材料价格上不从实际出发，工作不认真负责，不到施工现场查看所用材料。不核实工程量。以致于核减幅度比较少，医院基建开支显著增加。
要想保证基建项目的工程质量和节省基建开支，就必须做到审计全过程监督，以便对整个基建项目经济活动做出全面、客观、公正的评价。
要对基建项目进行科学论证，充分咨询专家意见，考虑医院资金是否许可、建设项目设计是否符合未来医疗业务发展等因素。加强对项目招标情况的监管，对工程概预算的准确性、招投标的合理及合规性进行分析评价，发现问题，要及时纠正。
在施工过程中，审计人员要深入施工现场进行考察，对隐蔽工程和变更设计部分进行跟踪检查，加强对施工现场的工程项目签证的核对工作。在施工方材料的采购过程中，要检查材料供应渠道是否正规，材料标号是否符合设计标准，材料的品牌是否与投标书相符，对材料变更应积极征求设计人员的意见，以保证工程质量。对预付工程进度款要加强监管，严格按施工合同办，对施工单位所报工程进度表进行严格的审核分析，查对工程款的预付与工程进度是否相符，防止所拨进度款超预算甚至决算的情况发生。
要提高审计工作质量，就要在审计手段和方法上下功夫。要结合基建工程的特点创新思路与手段，应用先进的计算机审计工具，提高审计工作效率。
对基建项目论证、招标、结算、审计等情况进行全面公开，自觉接受群众的监督，这也是医院搞好党风廉政建设、治理商业贿赂工作的必然要求。
选择好的社会中介机构是搞好医院基建审计的一个关键环节。
首先组织人员对几家社会中介机构进行考察，然后要求考察对象递交书面材料，再请相关人员根据造价咨询服务机构的资质、业绩、内控制度、选派的注册造价师的综合素质和社会信誉度等情况进行考评确定。
社会中介机构完成审计后，要出具工程造价定案表、结算书，交给委托医院，然后由医院内审人员或另聘请一名执业水平较高的注册造价师抽查复核;复核无误后，再由医院相关职能部门、施工单位签字盖章认可;最后由社会中介机构出具正式的审计报告书。
医院与社会中介机构签订委托协议时，要在协议中明确医院有权对有异议的受托审计项目选择第二家社会中介机构进行复审，同时与其签订廉洁服务承诺书，发现其与施工方在审计过程中有不廉洁行为的。医院将有权对其进行经济处罚。对如复审审减额超过20%者，除了解除与第一受托社会审计机构的合作，还应依法追究其相应责任，赔偿由此给医院造成的经济损失。
组织机构健全和人员到位是开展审计工作的前提条件。
要严格按照相关规定的要求，配备一定数量的工程专业技术人员。
审计人员在审计工作中要具备良好的职业道德，树立正确的世界观、人生观、价值观，以适应医院发展和审计工作的需要。
利用各种形式对审计人员进行教育，提高审计人员自身的政治觉悟和业务水平，以适应新形势下的审计工作。
内部审计机构的使命和职责。内部审计机构的主要任务是对单位和所属单位的财政、财务及相关经济活动进行审查，确保合规并保护资产安全。除此之外，还需要检查和评价内部控制制度的健全性和有效性，并提出改进措施和建议。其工作内容包括审查财务计划和预算、经济效益和工
审计实质性测试的主要工作，包括实物盘点、凭证抽查、账户余额核实、记录核对、资产和负债函证、计算结果复算以及查询有关人员等。审计人员进行这些工作的目的是确保被审计单位会计记录的真实性和准确性，以及经济业务的合理性和合法性。同时，审计人员还需要进行其他必
专项资金审计是审计机关对专项资金收支的真实性、合法性和效益性进行的监督活动。但专项资金审计仍然存在一些“盲点”而使专项资金审计工作与国家的目标仍然有一定的差距，其表现为：。随着各级政府对国计民生的专项资金相关投入加大，专项资金审计应当引起各级政府高度
它要求收入核数员掌握餐厅收银、前厅收银的工作内容及工作程序，以正确的方法考核营业收入情况，并将应收款及时收回，使资金得到正常使用。如有错误应立即通知接待员调整，并将情况写入夜审报告交日审处理。
