分级结算制度是指证券交易中，证券登记结算机构与证券公司之间存在直接的法律关系，而证券登记结算机构与投资者之间不存在法律关系。这种法律关系体现为“两段式法律结构”。根据证券法第112条规定，证券公司根据成交结果承担清算交收责任，而证券登记结算机构根据成交结果与证券公司进行证券和资金的清算交收。
现代证券交易一般采用分级结算制度。在这种制度下，证券登记结算机构与证券公司等结算参与人进行资金和证券的一级结算，而证券公司与投资者进行二级结算。分级结算制度有助于提高结算效率，降低成本，并减少风险。同时，证券登记结算机构可以组织以结算参与人为单位的多边净额结算，简化交收过程，提高效率。
在证券交易分级结算制度下，证券登记结算机构负责一级结算，即与结算参与人进行交收。证券登记结算机构以结算参与人为单位对其达成的交易进行清算，然后与每个结算参与人进行交收。在资金交收方面，通常采用结算银行代为扣款。一级结算在国际证券市场上普遍采用。
二级结算由结算参与人负责，即根据一级清算结果，结算参与人与投资者进行证券和资金的交收。在资金交收方面，结算参与人直接在投资者的资金账户中进行贷记或借记。在证券交收方面，根据不同的证券账户和持有体制，存在两种实现模式。一种是结算参与人直接对投资者证券账户进行操作，另一种是结算参与人委托证券登记结算机构办理证券划拨事宜，并由证券登记结算机构维护投资者证券账户持有余额记录。
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