分公司是总公司的分支机构，所以总公司有权撤销分公司银行账号的，撤销分公司要办理注销登记。
《中华人民共和国公司登记管理条例》
第四十九条 分公司被公司撤销、依法责令关闭、吊销营业执照的，公司应当自决定作出之日起30日内向该分公司的公司登记机关申请注销登记。申请注销登记应当提交公司法定代表人签署的注销登记申请书和分公司的《营业执照》。公司登记机关准予注销登记后，应当收缴分公司的《营业执照》。
1、持分公司营业执照副本，到工商部门领取《分公司注销登记申请书》、《指定代表或者共同委托代理人的证明》。
2、准备注销登记的相关材料。因为分公司不具备法人资格(和一般公司注销不同之处)，注销登记材料应由所属公司做出决定并签署。材料应当提交原件，提交复印件的，应当注明“与原件一致”并由公司加盖公章。
3、材料准备完成后，向工商登记机关提交。
4、分公司注销登记经工商登记机关核准后，公司应持《分公司注销登记核准通知书》到公司登记机关进行分公司撤销备案。同时，也要到技术监督局注销企业代码证。
5、如果分公司有银行账户的，需要注销银行账户，没有则不需要。
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