根据法律规定，如果房屋被划入生态保护区，但持有合法产权证明，那么该房屋不属于违法建筑。只要房屋办理了产权登记并取得了房产证等合法文件，就被视为合法建筑，受到法律保护。
根据中华人民共和国民法典第二百零九条规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭经过合法登记后才生效；未经登记的不动产物权不具备效力，但法律另有规定的除外。自然资源属于国家所有，其所有权可以不进行登记。
一、作出行政处罚决定
对于违法建筑，行政机关首先需要制定一份行政处罚决定，例如《责令限期拆除违法建筑决定书》。行政处罚决定的程序主要依据《行政处罚法》，通常在作出决定之前，行政机关应进行一系列调查，并在调查结束后发出《告知书》，详细记录当事人相关的事实、理由和依据，以及其享有的陈述申辩等权利。
二、进行催告
如果当事人在规定期限内未履行处罚决定，行政机关应进行催告。催告内容包括但不限于：
三、作出强制执行决定
如果当事人未履行处罚决定，相关行政机关可以实施行政强制，但前提条件是要制定强制执行决定，并进行公告。如果当事人在法定期限内不提起复议或诉讼，并且未自行拆除，相关部门可以依法强制拆除。
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