1、农村自住用宅基地发生土地纠纷的解决方式如下:
（1）协商解决。公民之间发生的宅基地纠纷，应当先通过协商的方式加以解决。
（2）行政方式解决。侵犯土地的所有权或者使用权争议，由县级以上地方人民政府土地管理部门责令停止侵犯，赔偿损失
（3）诉讼解决。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以在接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
2、法律依据：
《土地管理法》第十四条规定
土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理:个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理，单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理，当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
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