1、法院如果裁定不予执行仲裁裁决的，当事人可以重新达成仲裁协议，向仲裁机构申请仲裁，也可以向人民法院起诉。在获得新的、生效的仲裁裁决或者判决书后，可申请法院强制执行。
2、法律依据：《中华人民共和国仲裁法》
第九条 仲裁实行一裁终局的制度。裁决作出后，当事人就同一纠纷再申请仲裁或者向人民法院起诉的，仲裁委员会或者人民法院不予受理。裁决被人民法院依法裁定撤销或者不予执行的，当事人就该纠纷可以根据双方重新达成的仲裁协议申请仲裁，也可以向人民法院起诉。
第五十七条 裁决书自作出之日起发生法律效力。
第五十九条 当事人申请撤销裁决的，应当自收到裁决书之日起六个月内提出。
1、两者的管辖权取得方式有所不同。
在整个诉讼过程中，涉案的一方当事人向其当地有管辖权的法院提起诉讼，当地法院对案件受理后，涉案的另一方是必须要去应诉的;但是通过仲裁委员会而申请得到的仲裁，也是要有仲裁协议的，就是说合同中双方订立的仲裁条款或者是纠纷发生前、发生后涉案的双方当事人互相达成一致的仲裁协议。
2、两者中审理者的产生的方式也有所不同。
诉讼案件中审判员是会根据案件的不同类型并且依照法院的指定，不能随便涉事当事人自己选择，但如果是有法定理由的涉案当事人则有权申请回避;对于仲裁的案件，除去涉案双方当事人需要协商选定合法的仲裁委员会以外，还需要约定仲裁庭的有关人数和如何构成，案件中的当事人也是可以选定仲裁员的。
3、仲裁与诉讼开庭审理上也不同。
法院开庭的一般审理会公开进行，但如果涉及到国家的机密信息或者是涉及到个人隐私的案件，则不公开审理;但是仲裁庭的案件审理一般是不公开与社会进行的，这样可以保护当事人中的有关商业秘密以及维护当事人的商业信誉。
4、审理的程序以及涉案当事人的能动作为也有所不同。
人民法院不会无故裁定仲裁裁决不予执行的，被裁定可以不执行的仲裁裁决从始至终就没有发生法律效力。既然这样的话，其实在请求人民法院裁定不执行仲裁裁决的同时，也能让人民法院对双方的纠纷依法进行审理。
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