1、有争议的土地确权方式是当事人先进行协商，协商不成的可以申请有关机构进行调解。如果纠纷双方是个人之间、个人与单位之间发生的争议案件，当事人可以向乡级人民政府处理；如果纠纷双方是单位与单位之间发生的争议案件，当事人可以向争议土地的县级国土资源行政主管部门调查处理。
2、法律依据：
《土地权属争议调查处理办法》第五条
1、针对土地权利争议，当事人应区分两种情形采取不同的救济途径：如果土地未登记发证，当事人应先向政府申请对土地权属争议进行处理，再提起民事诉讼或行政诉讼(复议前置)；如果土地已登记发证，当事人可向登记机关申请更正登记，可向登记机关的上级主管机关提出行政复议，可提起行政诉讼请求撤销登记，可提起民事确权诉讼(但根据相关司法实践的裁判观点，部分法院持不支持可提起民事确权诉讼的观点)。
2、土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
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