医疗事故赔偿纠纷可以通过协商、调解、起诉等方式进行处理。
根据相关法律规定，当发生医疗事故的赔偿等民事责任争议时，医患双方可以选择协商解决。如果双方不愿意协商或协商不成，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，或者直接向人民法院提起民事诉讼。
在协商解决医疗事故赔偿等民事责任争议时，双方当事人应制作协议书。协议书应详细载明双方当事人的基本情况、医疗事故的原因、双方共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额，并由双方当事人在协议书上签名。
根据《医疗事故处理条例》的规定，在确定医疗事故的赔偿数额时，需要考虑以下因素：
如果不属于医疗事故的情况，医疗机构则不承担赔偿责任。
医疗事故赔偿调解是解决医疗事故民事责任争议的重要方式之一，也是解决医疗事故争议的重要组成部分。卫生行政部门进行调解以及调解结果的达成都必须依据医患双方当事人的自愿意愿，不能强迫医患双方当事人进行调解。
自愿原则体现在以下两个方面：
卫生行政部门不能强迫医患双方当事人进行调解，也不能强迫任何一方当事人接受赔偿数额的建议。
卫生行政部门的调解活动和调解协议的内容必须符合法律、法规的规定。在调解过程中，医患双方可以互谅互让、妥协和让步，但在确定赔偿数额时，必须按照法律规定的标准和项目计算，确保公平合理，并且不能损害国家和公共利益。
根据《医疗事故处理条例》的规定，如果医疗事故已确定，卫生行政部门可以根据医疗事故争议双方当事人的请求进行医疗事故赔偿调解。调解时，应当遵循当事人双方自愿原则，并依据条例规定计算赔偿数额。如果双方当事人达成赔偿数额协议，应制作调解书并履行；如果调解不成或其中一方反悔，卫生行政部门将不再进行调解。
对于采取协商方式处理医疗事故的情况，双方当事人需要拟定和签署赔偿协议书。如果向卫生行政部门提出调解申请并最终调解成功，需要制作调解书。如果调解不成功，则可以采取向法院起诉的方式处理医疗事故。
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