长期以来的工程项目合同纠纷案件中工程款案件占绝大部分，减少工程款案件纠纷，需要合同双方在工程建设之前拟好合同，并在施工过程中以及完结时严格按照合同条例，这样才能维护合同双方的利益，减少工程项目合同纠纷案件。
（一）解决工程项目纠纷的原则，具体如下所述：
1、按合同约定的计价标准或计价方法结算。尊重合同当事人的约定，充分体现了合同法中的意思自治原则。因工程量或质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订合同时当地建设主管行政部门发布的计价标准或计价方法结算，但施工合同有效而工程竣工验收不合格的，若经修复仍竣工验收不合格的，承包人请求支付工程款，法院不予支持。
2、施工合同无效，工程竣工验收合格，仍可以参照合同约定结算。
（二）、出现工程纠纷时的合同依据：
施工方与建设方在备案合同之外，另行签订的施工合同(协议)等，在结算时，若该另行签订的合同(协议)与经过备案的中标合同的实质内容不一致的，应当以备案合同作为结算的依据。涉及建设工程施工合同当事人签订的所谓“黑白合同”问题，即备案中标合同(即白合同)与另行签订的“补充协议”或“施工合同”等形式的合同(即黑合同)对结算的约定不一致而产生争议如何处理。司法解释出台前，各地法院针对黑白合同在结算时如何认定存在争议，而目前实践中需执行该司法解释的规定。
1、施工合同的效力问题；
2、合同无效是否应进行结算；
3、备案合同和“补充协议”即黑白合同不一致，在结算时应采纳哪一份合同作为结算的依据问题；
4、对于建设部推荐施工合同版本通用条款中涉及的发包方逾期不结算是否视为认可送审价的问题；
5、工程款结算采取何种标准的问题；
6、诉讼中，造价司法鉴定(司法审价)的范围；
7、关于工程质量、工期、农民工利益等问题。
在最高人民法院的《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》(以下简称“司法解释”)出台前，这些争议问题，往往不同地区不同法院作出了不一样的认定。随着司法解释及相关批复的出台，在实践中统一了大家的认识，有不同意见的，也只能叫学理解释或“一家之说”，作为目前实务还应当遵循司法解释的规定才行。
1、承包人未取得建筑施工单位资质或者超越资质等级。
2、没有资质或没有相应资质的实际施工人借用有资质的建筑施工单位名义的，通常说的“挂靠”。
3、必须招标的未进行招投标或中标无效。
4、违法分包。
5、转包。
1、价格标准，约定采用定额，还是清单方法
2、工程量核定及调整的约定，特别是各种变更情况下的工程量调整原则
3、关于签证的原则，怎样才是有效的签证，其形式和内容的要件的约定，以及有效授权的要件，约定明确的管理流程
农村建房合同纠纷的案由定性争议。一种意见认为可以定性为建设工程施工合同，涉及合同效力、工程量计算、工程款支付、工程质量责任和违约责任等方面的不同法律效果。另一种意见则认为可以定性为承揽合同。根据具体情况和相关法律规定，法院将做出相应判决。
建设工程合同无效的情况及连带责任种类。《解释》明确指出了四种无效建设工程施工合同的情况，包括承包人无资质或超越资质等级、实际施工人借用有资质企业名义、建设工程未招标或中标无效、承包人非法转包、违法分包等。除此之外，还有其他违反法律、行政法规的强制性规
建筑工程施工合同的变更条件和法律规定，包括协商变更合同、法律或行政法规规定的变更手续等。同时，文章还详细阐述了建筑工程合同纠纷中的举证责任分配，包括实际施工人的举证责任、工程款结算的举证责任和欠付工程价款范围的举证责任。
水利工程承包合同的主要内容。合同明确了甲乙双方的基本条款、承包性质及范围、承包单价、结算及付款方法、质量条款以及安全条款。合同涉及工程地点、施工区段、竣工日期等细节，并详细规定了工程承包的具体内容和要求，以确保紫荆河治理工程的施工质量、进度和安全管理
