关于乙方诉甲方建设工程合同纠纷一案，经甲乙双方协商一致达成协议如下:
1. 甲方向乙方支付工程款及相关费用共计:550万元人民币。付款方式为分期付款,并约定根据2、3条款的完成情况于2013年9月10日前支付100万元，2013年10月支付100万元。从第三个月起甲方每月30日前向乙方支付50万元，直至甲方付清所有款项止。甲方不能按时支付款项，支付所欠款项的20%的违约金。若因乙方造成的原因，甲方不支付违约金。
2. 乙方在甲方开始付款第一笔100万元款项后，应将涉及该工程的有关工程的所有技术资料转交给甲方，甲方出具收到手续，否则甲方第二次付款时间将延至乙方交付材料时。
3. 乙方在甲方开始付款第一笔100万元款项前，应将涉及该工程的屋顶防水工程做完并验收合格，否则甲方第一次付款时间顺延至屋顶防水工程验收合格时。
4. 乙方给甲方提供有关该工程的所有工程款项的发票，甲方向乙方另行支付开具发票的费用10万元人民币。
5. 本协议自签署之日起三日内，双方应向济南市长清区人民法院提交本协议一份，申请法院出具调解书。
6. 双方关于该建设项目的纠纷至法院出具调解书后终结，今后互不追究。但乙方仍应承担国家的建筑物的保修、维修等义务。
7. 本协议自甲、乙双方签字或盖章后生效，本协议一式叁份，甲、乙双方各持一份，xxxxx区人民法院一份，同样有效。
甲方(签字或盖章):法定代表人:地址:
乙方(签字或盖章):法定代表人:地址:
xxxx年月日
工程欠款违约金并没有法定计算方式，一般可以参照违约产生的损失计算。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。(三)证人、鉴定人
1、农民工工资不能直接上法院。农民工工资纠纷属于劳动争议，对于劳动争议，必须要先提起仲裁，之后才可以提起诉讼。 工程欠款纠纷可以直接起诉的，但原则上应该和发包方进行协商，协商不成就到法院提起诉讼。 可以主张违约金、停工、窝工、倒运、机械设备调
有关赔偿承包人的损失的计算方法或者发包人支付违约金的数额或计算方法应在专有条款中约定。当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承包责任。
超出此限度的，超出部分的利息不予保护。第6条：当事人对垫资和垫资利息有约定，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，应予支持，但是约定的利息计算标准高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率的部分除外。当事人对垫资没有约定的，按照工程欠款处理。增加违约金以
