在工程欠款纠纷案件中，如果发包人以建设工程质量不符合合同约定为由，主张付款条件未成就，那么可以将此作为一种抗辩方式。
如果发包人以建设工程质量不符合合同约定为由，请求承包人承担违约责任，那么应当提起反诉。
根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条的规定，“实质性内容不一致”主要指的是工程计价标准、工程质量标准等主要条款的内容差距较大。
在建设工程施工过程中，当事人以补充协议等形式约定的正常的工程量增减、设计变更等，一般不会被认定为“实质性内容不一致”。
如果经过招投标程序订立的建设工程施工合同与当事人另行订立的“实质性内容不一致”的建设工程施工合同都被认定为无效，那么应当参照当事人实际履行的合同来结算工程价款。
如果建设工程施工合同约定以政府相关文件的规定作为结算标准和依据，那么不能因为该文件被修改、撤销或失效而否定合同相关条款的效力。
如果当事人主张按合同约定结算工程价款，那么应予以支持，但是符合《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释(二)》第二十六条规定的除外。
如果建设工程施工合同约定工程款实行固定价，那么如果建设工程尚未完工，当事人对已完工工程造价产生争议，可以将争议部分的工程造价委托鉴定。但是，应以建设工程施工合同约定的固定价为基础，根据已完工工程占合同约定施工范围的比例来计算工程款。
如果当事人一方主张以定额标准作为造价鉴定的依据，那么不予以支持。
如果当事人于诉前或者诉讼中共同选定具有相应资质的鉴定机构对建设工程进行造价鉴定并出具了鉴定结论，那么一方当事人要求重新进行鉴定的，不予支持，但是如果有证据证明该鉴定结论具有最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第二十七条第一款规定的情形，除外。
如果人民法院委托司法鉴定机构进行工程造价鉴定，那么应当对当事人提交的鉴定材料进行质证，并将鉴定材料和质证意见移送鉴定机构。人民法院不得将鉴定材料的质证和审核认定工作交由鉴定机构完成。
鉴定机构出具鉴定报告初稿和定稿后，人民法院应当组织当事人进行质证。
如果承包人请求发包人支付工程款，而发包人主张对其已经向实际施工人支付的工程款进行抵扣，那么应予以支持。但是，发包人未经承包人同意向实际施工人支付的超出其应得工程款以外的部分，除外。
如果建设工程施工合同明确约定发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，那么视为认可竣工结算文件，并按照约定进行处理。
如果建设工程施工合同没有约定或者约定不明，那么如果承包人请求参照建设部《建设工程施工发包与承包计价管理办法》第十六条的规定，或者依据建设部制定的建设工程施工合同格式文本(1999年版)通用条款第33条第3款的约定进行处理，那么不予以支持。
如果发包人在合同约定的审核结算期限届满后，以承包人提交的竣工结算文件不完整为由拒绝结算，而承包人请求从合同约定的审核结算期限届满之次日起计算工程款利息，那么应予以支持。但是，如果建设工程施工合同另有约定，除外。
如果建设工程施工合同约定的违约金低于或者过分高于造成的损失，经当事人申请，人民法院可以根据《中华人民共和国合同法》第一百一十四条第二款和《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释(二)》第二十八条、第二十九条的规定予以调整。
如果发包人未依约支付工程款给承包人造成的损失，而发包人无法证明承包人实际损失，那么可以推定为以未付工程款为基数，参照中国人民银行规定的金融机构同期同类贷款利率计算的利息。
如果承包人逾期竣工给发包人造成的损失，而承包人无法证明发包人实际损失，那么可以推定为迟延期间内按建设工程所在地同期同类指导租金标准计算的租金。对于道路、桥梁等无法参照指导租金标准计算实际损失的建设工程，如果承包人无法证明发包人实际损失，那么可以推定为以发包人已付工程款为基数，参照中国人民银行规定的金融机构同期同类贷款利率计算的利息。
如果合作开发房地产合同的一方当事人作为发包人与承包人签订建设工程施工合同，而承包人请求合作开发房地产合同的其他当事人对施工合同债务承担连带责任，那么应予以支持。
如果当事人签订的合同名为合作开发房地产，实际上是土地使用权转让等其他性质的合同，而一方当事人与承包人签订建设工程施工合同，而承包人请求其他当事人对施工合同债务承担连带责任，那么不予以支持，但是如果承包人有理由相信当事人之间为合作开发房地产合同关系的，除外。其他当事人承担责任后，有权向发包人追偿。
如果合作开发房地产合同的当事人设立具有法人资格的项目公司，而项目公司与承包人签订建设工程施工合同，而承包人要求合作开发房地产合同各方当事人对施工合同债务承担连带责任，那么不予以支持。但是，如果公司股东存在滥用公司法人独立地位和股东有限责任、虚假出资、抽逃出资等情形，那么根据《中华人民共和国公司法》等有关法律、行政法规的规定进行处理。
如果挂靠人以被挂靠人的名义与发包人订立建设工程施工合同，那么被挂靠人与挂靠人应当对施工合同债务承担连带责任。但是，如果建设工程施工合同明确约定被挂靠人不承担责任，那么除外。
如果承包人将建设工程施工合同约定的工程款债权依法转让，而债权受让方主张其对建设工程享有优先受偿权，那么可予以支持。
如果承包人在转让工程款债权前与发包人约定排除优先受偿权，那么该约定对承包人以外的实际施工人不具有约束力。
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