行政合同与民事合同虽然都是双方或多方当事人在平等互利基础上达成的协议，但两者有一定的区别，行政合同与民事合同相比具有以下几个方面的特征：
行政合同的内容必须符合法律、法规的规定，双方都无完全的自由处分权。行政主体只能按照法律的规定提出邀约邀请，相对方只能表示接受。
行政合同属于双方行政行为，双方的行政行为须以双方意思表示一致为前提。当然，双方意思表示一致并不等于双方追求的目的相同，行政主体签订行政合同的目的是为了执行公务，行政管理相对方则是为了营利。
在行政合同的履行、变更或解除中，行政主体享有行政优益权。行政合同中当事人并不具有完全平等的法律地位，行政主体可以根据国家行政管理的需要，单方面依法变更或解除合同，而作为相对方不享有此种权利。
行政合同的内容除少部分受民商法调整外，总体上是受行政法调整的，行政合同纠纷主要应当通过行政法的救济途径解决。
合同，又称契约，原来是民法上的概念。是指当事之间设立的具有权利义务内容的协议。行政合同又称行政契约，是指行政主体为了行使行政职能实现特定的行政管理目标，而与公民、法人或其他组织，经过协商，相互意思表示一致所达成的协议。
所谓行政主体，是指依法享有行政职权，能够以自己的名义作出行政行为，并独立承担法律责任的组织。包括两个部分，一是行政机关，二是法律法规授权的组织。行政合同是行政主体为了实现行政管理目标而签订的，因此，当事人中必有一方是行政主体。没有行政主体的参加，不能称为行政合同。而且行政主体在合同中处于主导地位并享有一定的行政特权，通过合同的方式行使行政管理权。但是并非行政机关签订的一切合同都是行政合同，只有当行政机关以行政管理为目的并以行政主体的身份签订的合同，才是行政合同。当行政机关为了实现一定的民事目的，而与其它平等主体签订的合同，即为民事合同。
行政合同与民事合同的本质区别在于合同的目的是行政主体为了履行行政职能，行政主体签订行政合同的目的是实现行政管理，维护公共利益，而不是为了自身的经济利益。
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