根据中华人民共和国刑事诉讼法的规定，刑事案件中适用指定管辖的两类案件分别是地区管辖不明的刑事案件和原来有管辖权的法院不适宜或者不能审判的刑事案件。
对于地区管辖不明的刑事案件，最高人民法院关于适用《中华人民共和国刑事诉讼法》的解释第十七条规定，两个以上同级人民法院都有管辖权的案件，由最初受理的人民法院审判。如果管辖权发生争议，应当在审理期限内协商解决，协商不成的，由争议的人民法院分别层报共同的上级人民法院指定管辖。
对于原来有管辖权的法院不适宜或不能审判的刑事案件，最高人民法院关于适用《中华人民共和国刑事诉讼法》的解释第十六条规定，有管辖权的人民法院因案件涉及本院院长需要回避等原因，不宜行使管辖权的，可以请求移送上一级人民法院管辖。上一级人民法院可以管辖，也可以指定与提出请求的人民法院同级的其他人民法院管辖。此外，上级人民法院在必要时，还可以指定下级人民法院将其管辖的案件移送其他下级人民法院审判。
立案管辖是指人民法院、人民检察院和公安机关各自直接受理刑事案件的职权范围。具体地讲，立案管辖解决的是哪类刑事案件应当由公安司法机关中的哪一个机关立案受理的问题。
公安司法机关的性质和诉讼职能不同，划分管辖必须与之相适应。根据我国刑事诉讼法第18条的规定，人民法院、人民检察院和公安机关的立案管辖范围有概括性的规定。
刑事案件的性质、案情的轻重、复杂程度等也是划分管辖的重要依据。为了便于在实际工作中应用执行刑事诉讼法的规定，最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部和全国人大常委会法制工作委员会联合对刑事案件的立案管辖作出了更为具体的规定。
刑事案件中的指定管辖和立案管辖问题。指定管辖适用于地区管辖不明的案件和原管辖法院不适宜或不能审判的案件，由上级法院指定管辖。立案管辖则根据公安司法机关的性质、诉讼职能以及案件性质、轻重、复杂程度等来确定管辖范围。
公安机关指定管辖是指由上级公安机关指定下级公司机关管辖刑事犯罪，如果对管辖有异议，上级公安机关没有指定的，有异议的公安机关可以协商解决。第十五条 刑事案件由犯罪地的公安机关管辖。如果由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜的，可以由犯罪嫌疑人居住地的
最高人民法院管辖的第一审刑事案件，是全国性的重大刑事案件。刑事案件由犯罪地的人民法院管辖。如果由被告人居住地的人民法院审判更为适宜的，可以由被告人居住地的人民法院管辖。几个同级人民法院都有权管辖的案件，由最初受理的人民法院审判。上级人民法院可以指定下
管辖不明的情况，诸如刑事案件发生在两个人民法院管辖范围的交界处，而两个人民法院管辖的范围的行政区划没有确切的界限，犯罪地不能确定，这样形成互争管辖或互相推诿现象。在这种情况下，应当由争议各方在审限内协商解决;协调不成的，由争议的人民法院分别逐级报请共
