根据行政诉讼法的规定，当事人在法院两次合法传唤后，无正当理由拒不到庭的后果如下：
1. 视为申请撤诉
原告提起行政诉讼是行使法律赋予的诉讼权利，但在法院合法传唤后，原告无正当理由仍不到庭，可以被视为放弃了自己的诉讼权利。因此，人民法院可以将其行为解释为申请撤回起诉。
对于被告拒不上庭的情况，法院可以采取以下处理方式：
1. 缺席判决
缺席判决是指在开庭审理时，被告一方未到庭陈述、辩论的情况下，法院即可作出判决。在行政诉讼中，被告不仅负有提供其作出具体行政行为的材料的责任，还应出庭对自己所做的行政行为的事实和根据进行解释和答辩。如果被告经过两次合法传唤后仍不到庭，法院可以视为其放弃了在法庭上答辩的权利，并根据其他证据作出适当的判决。
2. 承担败诉的不利后果
被告拒不上庭可能会导致无法对自己的行政行为进行解释和辩护，从而增加败诉的风险。被告应意识到，无正当理由拒不到庭可能会对案件的结果产生不利影响，因此需要承担可能败诉的后果。
当事人拒不上庭的后果以及法律处理方式。原告经法院两次合法传唤后拒不上庭会被视为申请撤诉；对于被告，法院可采取缺席判决的处理方式，若不到庭会导致无法辩护，需要承担可能败诉的后果。
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