1、防治船舶污染，保护海洋环境保护的需要
我国是航运大国，沿海船舶运输频繁，油类及其它污染危害性货物海上运输量巨大，船舶航行与作业过程中污染事故时有发生。据统计，1970-2009年全球共发生700吨以上的油轮溢油事故458起。我国沿海在1976-2010年间，共发生大小船舶溢油事故3115起，平均每4天发生一起;1973-2010年共发生50吨以上的重大溢油事故82起。除油类污染事故外，其它船舶载运的污染危害货物泄漏入海也会对海洋环境造成严重危害，直接影响到人民生命财产安全和社会稳定。因此，必须及时地调查处理船舶污染事故，查明原因、判明责任，维护受损害方的权益。
2、贯彻实施上位法的必要举措
《中华人民共和国海洋环境保护法》和《中华人民共和国防治船舶污染海洋环境管理条例》为建立健全我国船舶污染事故调查处理制度奠定了法律基础。然而，这些法律仅就船舶污染事故调查处理作出了一些原则性的规定，因此，通过制定部门规章，对这些法律的规定进行细化，增加实施的操作性是非常必要的。
出台《海上船舶污染事故调查处理规定》是履行相关国际公约的必要措施。
我国是《联合国海洋法公约》、《1969年国际干预公海油污事故公约》和《经1978年议定书修订的1973年防止船舶造成污染公约》的缔约国。根据这些公约的规定，船旗国对悬挂其国旗的船舶发生的船舶污染事故具有调查处理权，沿海国对在其管辖水域内发生的船舶污染事故以及可能影响沿海国管辖水域环境的船舶污染事故具有调查处理权，并要求缔约国制定相应的法律对违法排污的船舶给予相应的处罚。作为这些公约的缔约国，我国必须制定相应的国内法规，以全面履约。因此，制定专门的行政管理规章，使现行规定与公约最新要求相一致，对提高我国的履约水平具有十分重要的意义。
本规定适用于造成中华人民共和国管辖海域污染的船舶污染事故的调查处理。《规定》共分七章四十二条，包括总则、事故报告、事故调查、鉴定机构的认定、事故处理、法律责任和附则。
(一)明确了相对人的具体义务
一是明确了相对人的报告义务。《规定》明确了发现船舶及其有关作业活动造成或可能造成海洋环境污染的单位和个人的报告义务，以及发生污染事故的船舶及有关单位的初始报告义务和补充报告的义务。
二是明确了相对人接受调查的义务。根据《条例》的规定，《规定》明确了船舶污染事故的当事人和其它有关人员应当配合调查，如实反映情况和提供资料，不得妨碍调查取证。
三是明确了相对人缴纳相关费用的义务。《规定》规定造成海洋环境污染的船舶应当缴纳相关费用或提供相应的财务担保。
(二)明确了船舶污染事故调查处理的管辖权
一是确定了分级管辖的原则，根据事故等级的不同，明确了不同的事故调查机构。
二是确定了解决管辖权争议的原则，即事故发生地不明的由事故发现地调查处理，涉及跨区域的由共同上级指定管辖。
三是确定了域外污染中国管辖海域的调查处理权，由国家海事管理机构指定调查处理机构。根据相关国际公约的规定，我国有权对公海发生的他国船舶污染事故进行调查和处理。
四是确定了中国籍船舶在国外发生污染事故的调查处理权，可由国家海事管理机构派员调查。根据相关国际公约的规定，无论船舶污染事故发生在何处，船旗国均有权开展调查处理。
五是确定了联合调查处理的原则，对于给渔业或军事港口水域造成损害的事故，吸收相关部门参与调查处理。
(三)建立了保护相对人权益的有效救济途径
为了保护相对人的合法权益，《规定》规定当事人对船舶污染事故认定不服时，可以申请一次重新认定。
(四)建立了鉴定机构的认定制度
《规定》明确了申请认定的鉴定机构能力要求、认定程序、年度审查和撤销认定等方面的规定，以更好地确定事故原因，做好事故的调查处理工作。
(五)建立了污染损害赔偿纠纷行政调解制度
《规定》规定当事人可以向海事管理机构申请调解，海事管理机构也可以主动调解，以解决船舶污染事故引起的污染损害赔偿纠纷。
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