一般情况下，指定管辖是在案件受理后进行的。指定管辖是指上级人民法院以裁定方式，指定下级人民法院对某一案件行使管辖权。
有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权的，由上级人民法院指定管辖。人民法院之间因管辖权发生争议，由争议双方协商解决;协商解决不了的，报请它们的共同上级人民法院指定管辖。
如果法院受理了案件，却发现自己对该案件没有管辖权，就会把案件移送给它认为有管辖权的法院，而另外的法院由于各种原因不愿接收时，就会由他们共同的上级法院指定管辖。
因此，指定管辖一般情况下是在案件受理后，不过司法实践中非常复杂，我们还是要具体问题具体分析才行。
根据《刑事诉讼法》第二十七条的规定，上级人民法院可以指定下级人民法院审判管辖不明的案件，也可以指定下级人民法院将案件移送其他人民法院审判。
最高人民法院关于执行《中华人民共和国刑事诉讼法》若干问题的解释中明确规定：
两个以上同级人民法院都有权管辖的案件，由最初受理的人民法院管辖。尚未开庭审判的，在必要的时候，可以移送被告人主要犯罪地的人民法院审判。对管辖权发生争议的，应当在审限内协商解决;协商不成的，由争议的人民法院分别逐级报请共同的上一级人民法院指定管辖。
上级人民法院在必要的时候，可以将下级人民法院管辖的案件指定其他下级人民法院管辖。
上级人民法院指定管辖的，应当将指定管辖决定书分别送达被指定管辖的人民法院和其他有关的人民法院。
原受理案件的人民法院，在收到上级人民法院指定其他人民法院管辖决定书后，不再行使管辖权。对于公诉案件，应当书面通知提起公诉的人民检察院，并将全部案卷材料退回，同时书面通知当事人;对于自诉案件，应当将全部案卷材料移送被指定管辖的人民法院，并书面通知当事人。
所以，指定管辖的案件一般是在案件受理后发生的，案件的管辖权被指定后，受理的人民法院应当全案移送给被指定的人民法院。
被告人对上级指定管辖的案件能否提出异议的问题。新疆某工程建设有限责任公司起诉十四师水利建管处后，又提出管辖权异议，但被法院裁定驳回。文章详细阐述了管辖权异议和指定管辖的概念及相关规定，并分析了本案是否构成管辖权异议申请或指定管辖申请。最后，文章强调了
我国民事诉讼中在二审期间是否允许提出管辖权异议的问题。根据法律规定，原则上不允许在二审期间提出管辖权异议，但涉及到级别管辖和专属管辖的特殊情况例外。当事人未在法定期限内提出异议并应诉答辩，法院将认定受诉法院具有管辖权。但需注意，此原则不适用于违反级别
指定管辖的变通问题。当案件管辖权不明确或行使不当的情形下，上级人民法院可以通过指定方式确定下级人民法院进行审判。这种情况分为管辖不明和管辖权不宜行使两种情境。管辖不明时，应在审限内协商解决或报请上级法院指定管辖；而在不适宜行使管辖权的情况下，应由上级
特殊情况下人民法院管辖权的行使和争议解决方式。当无法行使管辖权时，上级法院会指定另一法院行使；如发生管辖权争议则双方应协商解决，无果则向上级法院报告并由其指定。上级法院有权审理下级法院管辖的第一审民事案件，或根据需要将案件交由下级法院审理并需报请批准
