基本农田是根据人口和社会经济发展对农产品需求的规划确定的不可占用的耕地。基本农田保护区是为了特殊保护基本农田而设立的特定区域。基本农田保护区包括粮、棉、油生产基地内的耕地、具备良好水利和水土保持设施的耕地、正在改造或已列入改造规划的中、低产田、农业科研、教学试验田、集中连片程度较高的耕地以及绿色隔离带中的耕地。此外，为基本农田生产服务的农村道路、农田水利、农田防护林和其他农业设施，以及农田之间的其他零星土地也可以划入基本农田保护区。
根据国土资源部办公厅的通知，县级土地利用总体规划应结合土地用途区划定基本农田保护区，而乡级土地利用总体规划则应进一步落实县级规划划定的基本农田保护区。因此，可以得出结论，基本农田和基本农田保护区之间存在紧密联系：两者都主要由耕地组成，都需要严格保护，而且基本农田一般位于基本农田保护区内，基本农田保护区的土地大部分属于基本农田。
判断违法用地是否属于基本农田，应以法定土地利用总体规划图件为依据。具体的基本农田是由乡镇级土地利用总体规划具体划定落实到地块的，因此，需要以依法批准的乡镇土地利用总体规划图件为准，对比违法用地的界址范围（或界址坐标）与乡（镇）土地利用总体规划图件上标示的基本农田保护地块范围进行判定。
如果违法用地位于乡镇土地利用总体规划图上标示的基本农田保护地块范围内，一般应判定为占用基本农田。然而，需要注意的是，新一轮土地利用总体规划编制的规定明确，基本农田保护区划定时可以多划一定比例的基本农田，用于规划期内补划不易确定具体范围的建设项目占用基本农田。因此，并不是所有位于土地利用总体规划图上基本农田保护地块范围内的建设项目都属于占用基本农田，需要具体情况具体判定。例如，已列入土地利用总体规划确定的交通廊道或重点建设项目清单的特殊项目，在未超出规划多划基本农田面积额度的情况下，占用规划多划的基本农田时，按照占用一般耕地进行判定，不视为占用基本农田。
执法监察工作机构可以提请规划管理和耕地保护工作机构对是否占用基本农田进行认定。根据国土资源部门内设机构的职责分工，基本农田的划定和管理通常由规划管理和耕地保护工作机构负责。因此，在一些情况下，如果无法准确判断所占用土地是否属于基本农田，执法监察工作机构可以提请规划管理和耕地保护工作机构进行认定。
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基本农田和一般农田的区别。基本农田是重点保护的耕地，非特殊情况下不得占用；一般农田的保护程度相对较低。同时，文章还介绍了非法占有耕地罪的立案标准和基本农田划定的程序及要求。
