商业秘密权利人的损失包括计算的财产和收入损失。这些损失应作为赔偿的依据。其中包括权利人本身的收入以及预期的若干年内的收益。在计算时，需要考虑商业秘密的研制开发成本、成熟程度、利用周期和可重复利用性，以及商业秘密的使用和转让、市场供求状况等因素。
侵权人因侵权行为获得的利益也可以作为损失和赔偿额的依据。计算时需要假设侵权人未再向第三人披露、转让和不为其他公众所知。对于非法出卖商业秘密的行为，以非法出卖收入为损失额；对于违法使用商业秘密进行生产经营活动的行为，以因此获得或增加的利润为损失额。如果侵权人的行为属于间接使用，如利用跳槽员工带来的原单位的技术信息和经营信息等，以其产生的效益为损失和赔偿额。
当以上两种方法计算不便时，可以采用这种弥补性方法来计算损失和赔偿额。假设侵权方在正常情况下取得权利人商业秘密的许可使用时，其许可费用应该是多少，再推定该数额为损失和赔偿额。需要注意的是，这并不意味着侵权人就此取得了该商业秘密的合法使用权。
在司法实践中，“重大损失”一般指给权利人的生产经营活动造成的经济损失或丧失竞争优势、竞争能力甚至竞争资格等。而“特别严重后果”则指给权利人的生产经营活动造成特别重大的经济损失，甚至导致企业清算、破产等情况。由于本罪是结果犯，如无“重大损失”则不构成犯罪。因此，立法机关或司法机关应当对“重大损失”和“特别严重后果”作出明确的规定或解释，以便实际操作。
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可能导致侵犯商业秘密的行为，包括非法获取商业秘密、不正当使用商业秘密、违反保密义务以及知情侵权等行为。这些行为均构成对商业秘密权利人的严重损害，属于不正当竞争行为。
侵犯商业秘密的法律责任，包括民事责任、行政责任等。侵权人需承担停止违法行为、行政罚款、处理侵权物品等责任。在处理侵权物品时，工商行政管理机关可采取责令归还、销毁等措施，目的是阻止侵权人继续侵犯商业秘密。
