它们的区别主要表现在以下几个方面：
①对象不同。经济效益审计的对象是各种经济资料和有关的技术经济资料、经营管理活动;而财务审计的对象仅仅是财会资料和财务收支活动。
②目的不同。经济效益审计通过审查各种经济资料和技术经济资料，评价单位的经营管理活动是否经济，是否合理，是否有效益，并提出改进意见;而财务审计则审查财会资料是否真实正确，审计财务收支是否合理合法。
③职能不同。经济效益审计具有建设性和防护性职能，以建设性为主;而财务审计具有防护性和建设性职能，以防护性为主。
④依据的标准不同。经济效益审计的标准是有关法律、财经法规和制度，以及计划、目标、定额、技术经济指标、同行业同类指标;财务审计以有关法律、财经法规和制度为标准。
⑤方法不同。经济效益审计除运用财务审计方法外，还利用经济数学方法和现代管理方法，既进行事后审计，也进行事前审计;财务审计则通过检查、调查和分析等方法，审查会计账薄和财务报表，分析财务指标，以事后审计为主。
由此可见，经济效益审计是财务审计的深入和发展。开展经济效益审计往往从财务审计入手，即从审查资金、成本、利润的情况入手，然后再深入到全部经济活动和经营管理中去。
审计过程中关于确认、评价与控制或有负债的相关方针、政策和工作程序。审计师需向被审计单位管理当局了解相关事项，获取相关文件和凭证，并与银行、法律顾问和律师进行函证。同时，还需复核税务报告、会议记录和审计工作底稿等，以确定会计报表披露的或有负债是否恰当，
根据我国国情的需要,实施效益审计,有利于促进国民经济各部门、各企事业单位以及各级政府机关和科研单位围绕提高经济效益和工作效益改进自己的工作,加强内部控制,实现最佳管理;有利于改善社会主义经济各方面的关系,维护正常的经济秩序;同时也利于提高财务审计的质量和巩
内部审计的内容主要是依据企业经营战略目标、单位内部的定额、计划指标及内部管理制度等，检查企业各项内部控制的执行情况、经济活动取得的经济效益等，提出各项改善措施，评价企业内部受托经济责任的履行情况等。内部审计的种类，包括财务审计、经济效益审计、经营业务
国外虽然没有"经济效益审计"的提法，但实际审计业务中包含了经济效益审计的内容。如美国的经济效益审计称为效率、效果、经济审计，即"三E审计"①经济效益审计自始至终是以促使提高经济效益为直接目的的审计。②经济效益审计是经济效益实现途径开发利用和实现程度的审计
