超过法定期限作出的具体行政行为，在程序上违法，但在实体上并未对相对方的合法权益造成侵害。对于这种情况，应当根据行政管理相对人的合法权益和具体行政行为是否有可撤销的内容进行分析。在某些行政行为中，如果法院一律以违反法定程序为由予以撤销，可能会对行政相对人的合法权益造成更大的损害。
例如，对于行政许可行为，行政机关根据相对人的申请，允许其从事某种行为、确认某种权利、授予某种资格和能力。行政许可是一种准许、容许行为。如果行政主体在行政许可过程中违反法定程序，但并未侵害相对人的合法权益，法院以违反法定程序为由予以撤销，只会对相对人的合法权益造成更大的损害。
此外，对于超过时限作出的具体行政行为，如果权利义务已经实施完毕且无可撤销内容，应当判决确认其程序违法，而不能判决撤销。
超过法定期限作出的具体行政行为，在程序上违法，且在实体上直接损害相对方的合法权益。对于这种情况，应当主要考虑撤销具体行政行为是否会侵害行政相对人的合法权益。如果撤销具体行政行为只能减轻对行政相对人的合法权益的侵害，而不会加大对国家、集体和其他人的合法权益的损害，应当坚决予以撤销。
例如，在行政处罚过程中，行政机关采用了证据先行登记保存后，长时间不作处理，只是扣押了相对人的财产。虽然行政处罚法规定了证据先行登记保存的期限，但对超过期限后的处理方式没有明确规定。对于这种情况，不仅应当撤销具体行政行为，还应当对相对人进行国家赔偿。
超过法定期限作出的行政行为对司法审查过程中的证据认定和案件事实审查等方面产生不同的影响。由于具体行政行为的时间过长，可能导致在审理过程中对证据的认定和案件事实的审查等方面出现困难。时间拖延可能导致有些证据难以调取甚至无法获得，当事人对案件事实的记忆也会变得模糊。这给案件审理带来困难，不仅影响工作效率，还增加了行政成本和诉讼成本，造成了资源浪费。
为了解决这个问题，提高工作效率和效果，需要尽快制定适合我国国情且符合WTO原则的行政程序法。
行政许可实施中的便民原则应用。讨论了行政许可申请方式的多样性，包括现场申请、代理申请及在线申请等，强调行政机关需当场受理并允许材料错误当场更正。同时，公示行政许可事项，统一受理机构，减少多头审批，集中行使行政许可权以提高效率。最后提及了行政复议和诉讼
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