借款担保合同的法律问题

行政机关作为借款主体的有效性问题

根据基本案情，原某市税务一分局与某市建行办事处签订了一份借款合同，借款主体为行政机关。然而，国税局和地税局认为行政机关不能作为借款主体，因此拒绝偿还借款合同中的利息。

在法律和行政法规中，并没有明确规定国家行政机关是否可以作为借款主体。此外，人民银行的规章中也没有禁止行政机关作为借款主体的规定。

国税局和地税局引用了《借款合同条例》第二条的规定，认为行政机关不能作为借款主体。然而，这一规定中所提到的借款人只是列举式的，并不是穷尽式的。因此，根据合同法的原则，行政机关作为借款主体的合同应当是有效的。

合同当事人分立后的债务承担问题

在本案中，借款合同的当事人发生了分立，具体表现为原某市税务一分局分设为国税局和地税局。因此，需要确定分立后的债务由谁来承担。

根据合同法的规定，当合同的当事人发生分立时，债务一般由分立后的各个主体共同承担。因此，国税局和地税局应当共同承担借款合同中的债务。

保证责任期限及法律适用问题

根据基本案情，借款合同中约定了担保单位某市汽车运输公司在借款到期后代为偿还借款单位不能偿还的债务。然而，国税局和地税局认为该保证责任的期限已经届满，担保单位不再承担连带偿还责任。

根据合同法的规定，保证人对债务的连带责任期限一般为债务到期之日起五年。在本案中，借款合同的期限为一年，因此，保证人某市汽车运输公司的连带责任期限尚未届满。

此外，根据相关法律规定，合同的解释和适用应当以合同当事人的真实意思为准。因此，在解释和适用借款合同的问题上，应当以双方当事人的真实意思为准。