根据仲裁法的规定，仲裁机构应独立于行政机关，并与行政机关没有隶属关系。然而，目前存在严重的问题，即地方党政机关干部在仲裁机构兼职或退休后直接担任仲裁机构领导职务。大多数仲裁委员会组成人员中，现职或退休的党政机关干部超过三分之二；仲裁委员会主任由地方政府领导兼任；仲裁委员会办事机构由政府法制部门的领导及中层干部兼任领导。此外，一些仲裁办事机构与政府法制部门存在过于密切的关系，导致"一套人马，两块牌子"的现象，甚至实行"合署办公"和"人财物不分"。同时，一些党政领导干部在退休后直接成为仲裁机构专职领导，没有兼职的党政机关领导干部退休后也直接担任仲裁机构领导职务。
根据国务院关于仲裁机构的要求，仲裁委员会应逐步做到自收自支。然而，现行的仲裁收费财务管理体制与商事仲裁的性质和国务院的规定相违背。财政部、发改委、监察部和审计署发布的《关于加强中央部门和单位行政事业性收费等收入"收支两条线"管理的通知》将仲裁收费定性为行政事业性收费，纳入了收支两条线财务管理。这不仅对我国仲裁事业的发展造成了危害和后果，也导致仲裁财务管理体制的反复。一些本可以实行自收自支的仲裁机构中止了这一步伐，更加依赖政府财政供养。一些已经实行自收自支的仲裁机构也不惜隐瞒实情，自动倒退回依赖政府财政供养的状态。
尽管国务院要求仲裁机构逐步做到自收自支，但大多数仲裁机构仍然依赖政府财政供养以维持生存。一些地方没有必要成立仲裁机构的地方也盲目成立仲裁机构，并试图比照国家行政机关套升行政级别，争取相关待遇。这严重影响和阻碍了仲裁机构的独立发展，并增加了政府财政的负担。一些兼职于仲裁机构的行政官员试图否定商事仲裁的民间性质，并阻止仲裁机构与行政机关脱钩，干预仲裁机构的自主管理。他们以"稳定队伍，发展事业"为借口，试图将仲裁机构重新划归为行政事业单位，实行公务员法管理。
以上问题需要得到解决，以促进仲裁事业的健康发展。仲裁机构应当真正独立于行政机关，避免党政干部在机构中担任领导职务。同时，仲裁收费财务管理体制应与商事仲裁的性质相适应，实现自收自支。最后，仲裁机构应减少对政府财政的依赖，逐步实现自给自足。只有这样，我国的仲裁事业才能更好地为商事纠纷的解决提供有效的服务。
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