1、民事案件二审结束后，进行申诉，申诉被驳回，现有证据足以推翻二审判决，当事人可以通过二种途径来处理：向二审法院或其上级法院进行审诉，由法院审查后主动启动审判监督程序进行再审。
2、向检察院申请抗诉，由检察院审查后，如果认为判决错误的，可以依法定程序向法院提起抗诉。
3、法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百九十八条，各级人民法院院长对本院已经发生法律效力的判决、裁定、调解书，发现确有错误，认为需要再审的，应当提交审判委员会讨论决定。
第二百零八条，最高人民检察院对各级人民法院已经发生法律效力的判决、裁定，上级人民检察院对下级人民法院已经发生法律效力的判决、裁定，发现有本法第二百条规定情形之一的，或者发现调解书损害国家利益、社会公共利益的，应当提出抗诉。
1、被告人、自诉人、附带民事诉讼的原告人和被告人通过原审人民法院提出上诉的，原审人民法院应当在三日以内将上诉状连同案卷、证据移送上一级人民法院，同时将上诉状副本送交同级人民检察院和对方当事人。
2、被告人、自诉人、附带民事诉讼的原告人和被告人直接向第二审人民法院提出上诉的，第二审人民法院应当在三日以内将上诉状交原审人民法院送交同级人民检察院和对方当事人。地方各级人民检察院对同级人民法院第一审判决、裁定的抗诉，应当通过原审人民法院提出抗诉书，并且将抗诉书抄送上一级人民检察院。
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