在就业招聘过程中，有些用人单位认为签订了就业协议就可以不签订劳动合同，或者以签订就业协议为由拒绝签订劳动合同，但这种做法是不合法的。三方协议仅限于应届毕业生在求职阶段与用人单位签订的合同，其效力仅限于取得毕业证之前。三方协议的目的是约束应届毕业生毕业后进入用人单位工作，并要求用人单位在毕业生毕业后与其签订劳动合同。因此，如果用人单位与应届毕业生签订了正式的劳动合同，则三方协议的效力自然解除。
正式劳动合同只能约定涉及保密和服务期的违约条款，其他情况下不得为劳动者设定违约金。而三方协议的违约条款仅适用于应届毕业生毕业后未进入用人单位的情况。正式劳动合同签订后，三方协议的违约条款已失去基础，因此不可能在正式劳动合同中继续适用。
需要注意的是，三方协议是计划经济与市场经济过渡期间的产物，目前尚未有准确的法律对其进行规定。
根据我国劳动法的规定，以下组织可以与劳动者签订劳动合同：
1. 各类企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织：企业和个体经济组织是最常见的用人单位，而民办非企业单位主要指从事非营利性社会服务活动的社会组织，如幼儿园、学校、敬老院、医院、律师事务所、会计师事务所等。会计师事务所、律师事务所等合伙组织和基金会等属于劳动合同法规定的用人单位。
2. 国家机关、事业单位、社会团体等：这些组织与劳动者建立劳动关系时，也被视为劳动法上的用人单位。但在这些单位中，公务员与单位建立的不是劳动关系，因此不受劳动法律法规调整。
3. 实行聘用制的事业单位：这些单位与实行聘用制的工作人员之间的劳动合同订立、履行、变更、解除或终止，应根据法律、行政法规或国务院的规定执行。如果没有相关规定，则依照劳动合同法的规定执行。
4. 用人单位的分支机构：劳动合同法允许用人单位设立分支机构，并且取得营业执照或登记证书的分支机构可以以自身名义与劳动者签订劳动合同。未取得营业执照或登记证书的分支机构可以受用人单位委托以用人单位名义签订劳动合同。
综上所述，根据我国相关法律规定，即使企业和员工之间签订了就业协议，入职时仍需要签订劳务合同以保障员工的合法权益。同时，公司在签订劳动合同后也需要为员工缴纳社会保险。
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