司法赔偿是指国家在行使司法权力时，由于违法行为给无辜的公民、法人或其他组织的生命、健康、自由和财产造成损害，国家应承担的赔偿责任。司法赔偿与民事赔偿有许多相似之处，但也存在一些不同点。
国家赔偿是由国家的侵权行为引起的，而民事赔偿是由民事侵权行为引起的。根据《民法通则》的规定，公务侵权与国家公权力的行使有关，因此公务侵权的民事责任实际上适用《国家赔偿法》的规定。
国家赔偿的主体是抽象的国家，具体的赔偿义务由国家赔偿法规定的赔偿义务机关履行。赔偿主体与赔偿义务人相互分离。而民事赔偿的主体通常是具体的民事违法行为人，赔偿主体与赔偿义务人相一致。
国家赔偿的归责原则是违法原则，而民事赔偿的归责原则体系由过错责任原则、无过错责任原则和公平责任原则构成。
国家赔偿的程序较民事赔偿更为复杂。首先，在提起国家赔偿诉讼之前，除在行政诉讼中一并提起赔偿外，请求人应先向赔偿义务机关提出赔偿请求，即实行赔偿义务机关决定前置原则。法院不予受理，而在民事赔偿程序中，受害人可以直接向法院提起赔偿请求，无须经过前置程序。其次，证据规则也不同。国家赔偿一般实行“初步证明”规则，即赔偿请求人首先要证明损害已经发生，并且该损害是由国家机关及其工作人员的违法行为所引起的。继而，证明责任转移到被告。而在民事赔偿诉讼程序中则实行“谁主张、谁举证”的证据规则。
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