根据国际法的领土主权原则，国家领土的一个重要特征是排他性。因此，在国家领土主权问题上，相互尊重主权和领土完整这一国际法重要原则首先表现为一国领土之内不允许存在他国领土。一国的内水、领海等都属于沿海国领土主权的范围。沿海国和港口国对内水和港口享有完全和排他的国家主权。因此，外国船舶和船员只有经沿海国允许才可以进入，否则将被视为对沿海国领土的侵犯。只有为了躲避海上风险而进入一国内水并遵守沿海国所有管理规定的，一般无需征得沿海国同意可直接驶入其内水。因此，一旦船舶进入别国内水或港口，即受沿海国和港口国的法律约束和管辖。沿海国对经其允许驶入内水或港口的外国船舶和船员享有根据领土主权原则进行属地管辖的权力。
沿海国和港口国对于外籍船舶的管辖问题上往往容易与船旗国的管辖权产生冲突。在全球范围内，对该问题有不同的处理方法。
主流的解决方式包括：
第一，对于纯属船舶内部纪律的事务，沿海国通常不加干预，而交由船旗国按照该国的法律管辖。
第二，如果发生在船上的海员犯罪没有影响到港口的和平与安宁或其居民，除非经船长或船旗国代表请求，沿海国一般也不行使管辖权，而交由船旗国管辖。
第三，即使犯罪仅涉及船员，并不涉及船舶以外的人，事实上并不扰乱当地和平和安宁，如果罪行是严重的（如杀人罪），那么，沿海国和港口国也有管辖权。
第四，在任何情况下，对船舶上的犯罪是否进行管辖，由沿海国当局决定。
根据国际条约和双边条约的规定，沿海国不应在通过领海的外国船舶上行使刑事管辖权。领海国不得对该船舶上的人和事实施刑事调查。然而，这并不影响沿海国对从本国内水驶向领海的外国船舶实施刑事调查的权力。
刑事自诉案件的提起及审理程序。自诉案件的提起需符合案件范围、有事实和法律依据、符合管辖规定并提交书面起诉状及相关证据。自诉案件的审理程序与公诉案件有所不同，包括开庭审判、共同侵害人处理、被害人参与及被告人反诉等特殊情况的规定，以保障自诉人的合法权益。
刑事诉讼中的指定管辖权问题。当案件管辖不明或某法院不宜行使审判权时，上级法院可以指定下级法院审判或移送其他法院。分为两种情况：一是管辖不明导致互争或推诿时，应在规定审限内协商解决并报请上级法院指定管辖；二是当出现不宜行使审判权的情况时，上级法院应直接
航空犯罪的刑事管辖权问题，依据普遍管辖原则，世界各国对危及人类安全的国际犯罪具有管辖权。针对劫持航空器罪，无论犯罪地、犯罪人国籍及侵犯利益如何，我国及其他缔约国均可依据国际公约行使刑事司法管辖权。同时，也介绍了劫持航空器罪、使用暴力危害飞行安全罪和传
刑事自诉案件的管辖权和注意事项。刑事自诉案件由犯罪地人民法院管辖，若涉及港、澳、台居住的中国公民或单位，则由犯罪地的基层人民法院审判。法院根据案件具体情况处理，对于缺乏罪证或证据不足的自诉案件，应说服自诉人撤诉或裁定驳回。注意事项包括自诉人资格、当事
