根据国际法的领土主权原则，国家领土的一个重要特征是排他性。因此，在国家领土主权问题上，相互尊重主权和领土完整这一国际法重要原则首先表现为一国领土之内不允许存在他国领土。一国的内水、领海等都属于沿海国领土主权的范围。沿海国和港口国对内水和港口享有完全和排他的国家主权。因此，外国船舶和船员只有经沿海国允许才可以进入，否则将被视为对沿海国领土的侵犯。只有为了躲避海上风险而进入一国内水并遵守沿海国所有管理规定的，一般无需征得沿海国同意可直接驶入其内水。因此，一旦船舶进入别国内水或港口，即受沿海国和港口国的法律约束和管辖。沿海国对经其允许驶入内水或港口的外国船舶和船员享有根据领土主权原则进行属地管辖的权力。
沿海国和港口国对于外籍船舶的管辖问题上往往容易与船旗国的管辖权产生冲突。在全球范围内，对该问题有不同的处理方法。
主流的解决方式包括：
第一，对于纯属船舶内部纪律的事务，沿海国通常不加干预，而交由船旗国按照该国的法律管辖。
第二，如果发生在船上的海员犯罪没有影响到港口的和平与安宁或其居民，除非经船长或船旗国代表请求，沿海国一般也不行使管辖权，而交由船旗国管辖。
第三，即使犯罪仅涉及船员，并不涉及船舶以外的人，事实上并不扰乱当地和平和安宁，如果罪行是严重的（如杀人罪），那么，沿海国和港口国也有管辖权。
第四，在任何情况下，对船舶上的犯罪是否进行管辖，由沿海国当局决定。
根据国际条约和双边条约的规定，沿海国不应在通过领海的外国船舶上行使刑事管辖权。领海国不得对该船舶上的人和事实施刑事调查。然而，这并不影响沿海国对从本国内水驶向领海的外国船舶实施刑事调查的权力。
六部委关于刑事诉讼法实施的规定，包括管辖、辩护与代理等方面的内容。规定中明确了公安机关与人民检察院在贪污贿赂案件中的管辖范围及协作方式，同时规定了辩护人的资格限制、辩护律师的权利及义务、法律援助的程序等。对于违规行为，依法追究责任，并设置了申诉控告机
刑事诉讼中的案件分类和管辖问题。指出了不适合由法院受理的自诉案件存在的问题，包括调查取证困难、难以保护国家利益等。同时，讨论了公安机关、法院和检察院之间在案件管辖上的矛盾，原因是分工不明确和案件的复杂性。实际操作中，存在职能管辖错误的现象。
外国人犯罪案件的管辖问题。外国人犯罪的管辖权现由基层人民法院行使。涉及外国人犯罪的批捕、辩护、刑事责任及审理等方面都有相应的规定。对于享有外交特权和豁免权的外国人犯罪，将通过外交途径解决。审理涉外刑事案件的结果需要及时通报当地外事部门。
刑事回避制度存在的五个问题。首先，事由范围狭窄，未能涵盖所有特殊关系；其次，举证责任不明确，当事人难以证明案件承办人是否符合回避条件；第三，对于主要负责人或单位的回避，没有明确规定改变管辖或单位回避的问题；第四，责任追究不严格，对于违反回避制度的行为
