1、对事实要件认定的自由裁量。
海事部门对当事人的行为性质和海事管理事项的性质认定酌情裁量。确认其行为是否违反水上安全监督管理秩序。并经过调查决定是否作出海事行政处罚。
2、判定情节轻重的自由裁量。
所谓情节是指事物发生、发展的因果关系和演变过程。海事违法行为的情节可以分为主观和客观两个方面。主观方面包括目的、动机、心理状态和态度表现等，客观方面包括时空、对象、方式手段和危害后果等。在实施海事行政处罚时，必须认真考虑上述主观和客观两个方面的违法情节。
需要强调的是,这种违法事实清楚,当事人应当承担行政责任,但办案机关不予行政处罚的情形必须有法律、法规的明确规定,行政机关不具有行政处罚自由裁量权。当事人承担行政责任除了应客观上具有违法行为外,还必须具有行政责任能力,即当事人对其行为承担行政责任的能力。
需要强调的是,这种违法事实清楚,当事人应当承担行政责任,但办案机关不予行政处罚的情形必须有法律、法规的明确规定,行政机关不具有行政处罚自由裁量权。违法行为在2年内未被发现的,不再给予行政处罚,法律另有规定的除外。
个人认为，如果作出的处罚比告知的较轻，应认为行政机关在听取了当事人陈述、申辩后作出有利于当事人的处罚，是行政机关的自由裁量权;但行政机关不得作出比告知的处罚更重的处罚，因为《行政处罚法》第三十二条第二款规定，行政机关不得因当事人的申辩而加重处罚。
行政处罚可以通过调解进行解决，行政诉讼原则上法院不能以调解方式结案，但是涉及到行政赔偿、补偿，或者行政机关有自由裁量权的案件比如行政处罚案件，法院可以在行政机关自由裁量范围内依法对处罚幅度进行调解，法院可以调解方式结案。行政处分由作出处分的行政机关执
