竞业禁止与保密纠纷起源于劳动关系，但由于涉及用人单位的知识产权问题，具有特殊性。竞业禁止和保密约定既可以作为劳动合同的一部分，也可以独立存在以保护商业技术秘密。然而，我国相关法律并没有明确规定竞业禁止和保密协议纠纷的管辖机构。
从劳动合同的角度看，竞业禁止和保密纠纷属于劳动争议纠纷，根据《劳动争议调解仲裁法》相关规定，不得约定管辖机构。而从不正当竞争的角度看，竞业禁止和保密义务条款属于双方民事合同的一部分，可以适用合同中的管辖条款。
因此，笔者认为竞业禁止和保密纠纷不能约定管辖机构。
保密协议的签订并不适用于全体员工，根据劳动合同法第二十四条第一款规定，竞业限制仅适用于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。普通员工没有接触公司商业秘密的义务。
一些企业在保密协议中约定员工今后不得再从事相关行业，这明显违反法律规定。根据劳动合同法第二十条第二款规定，在解除或终止劳动合同后，负有竞业禁止义务的人员到与本单位有竞争关系的其他用人单位从事同类业务，或自行开业从事同类业务的竞业限制期限不得超过两年。
违约金的约定应当有根据，企业不应过度追求高额违约金。违约金的约定应根据行业情况和预计的企业损失进行合理约定。
竞业禁止条款是双方当事人共同承担义务的条款。劳动者承担特定时期不与公司竞争的义务，公司则有责任给予相应的补偿。根据劳动合同法第二十三条规定，用人单位可以在劳动合同或保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或终止劳动合同后，在竞业限制期内按月给予劳动者经济补偿。
根据我国《劳动法》第22条规定，劳动合同当事人可以在劳动合同中约定保守用人单位商业秘密的相关事项。保密协议与其他协议一样，必须遵循公平和平等原则，才能具有法律效力。
不同企业或同一企业在不同时期持有的商业秘密可能不同，约定保密内容时必须明确对象、范围、内容和期限等。当商业秘密具有企业无形资产和职工个人劳动成果的双重性质时，应特别注意明确其性质属于个人著作权还是公司商业秘密，并确定当事人是否需要承担保密义务。
除保密岗位和技术岗位外，一般员工（包括不承担保密义务的人员）在工作中有意或无意获悉公司商业秘密时，也应纳入保密主体范围，并承担保密责任。员工的家属、朋友等了解商业秘密的人员也应履行同等保密义务。
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