根据2012年《闲置土地处置方法》(国土资源部令第53号，以下简称53号令)对闲置土地的定义及相关概念的解释，可以将闲置土地认定标准归纳为以下几点：
根据合同约定，A公司应在2008年12月31日前动工建设，但事实上，A公司仅进行了土地平整，没有进行挖基作业。因此，根据该标准，可以认定A公司的土地属于闲置土地。
根据案例描述，A公司的土地并未进行任何开发利用，因此无法判断开发建设用地面积是否占总面积的三分之一。然而，根据已有信息，可以推断A公司的土地开发面积远远不足三分之一，因此符合该标准。
根据案例描述，A公司的土地仅进行了平整，没有进行任何开发利用，因此投资额为零。因此，根据该标准，可以认定A公司的土地符合闲置土地的认定标准。
根据案例描述，A公司的土地仅进行了平整，没有进行任何开发利用，因此无法判断是否中途中止开发建设。然而，根据已有信息，可以推断A公司的土地开发满一年以上。因此，符合该标准。
综上所述，根据闲置土地的认定标准，可以认定A公司的土地属于闲置土地。
根据现行法律法规，尚未明确司法查封是否属于政府原因。然而，在闲置土地处置时，应当参照政府原因造成土地闲置的情形进行处置。以下是对此观点的论述：
根据该意见，土地被司法查封前不符合闲置土地认定标准的，司法查封后满一年以上未动工的，可不认为闲置土地。因此，可以认为司法查封的土地在一定程度上不符合政府原因闲置的情形。
司法查封的目的是防止债务人转移资产，侵害债权人合法权益。债务人在已被查封的土地上继续进行开发建设，一旦法院判定以土地作为资产清偿债务时，其开发建设成本将不计入土地资产，债务人前期投入将化为泡影，因此债务人不会在被查封的土地上继续进行投资建设。
在实践中，部分地方将司法查封纳入了政府原因的范畴。这表明地方在认定闲置土地时已经将司法查封纳入了政府原因的情形。
综上所述，尽管现行法律法规尚未明确司法查封是否属于政府原因，但在闲置土地处置时，应当参照政府原因造成土地闲置的情形进行处置。因此，国土资源局不应收回A公司的建设用地使用权。
对于司法查封是否属于政府原因造成土地闲置的问题，建议有关部门在政策制定过程中予以明确。
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