土地承包经营权纠纷是指涉及承包土地的使用、收益、流转、调整、收回以及承包合同的履行等事项引发的争议。这种纠纷可以发生在农民之间，也可以发生在农民与农村集体经济组织或自治组织之间，还可能涉及农民与其他单位或个人之间。
当土地承包经营权纠纷发生时，当事人可以通过协商解决，也可以寻求村民委员会、乡(镇)人民政府等机构的调解。如果当事人不愿意协商或调解无法达成一致，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，或直接向人民法院提起诉讼。
协商解决是指当事人在发生土地承包经营权纠纷后，通过自愿互谅的基础上，直接进行磋商谈判，自行解决争议。
调解是指在当事人自愿的基础上，由双方同意的第三方进行沟通和斡旋，使纠纷当事人自行达成解决纠纷的办法。
由于土地承包经营相关法律规定的不健全，以及农村承包经营户的弱势地位，导致农户的土地承包经营权益受到损害的情况普遍存在。为了保护农户的权益，学者提出以下几点建议：
在立法中明确规定土地承包经营权的物权性质，明确规定其具体的权能和界限。有人主张制定专门保护农村承包经营户合法权益的条例。总之，首先要在法律法规中明确土地承包经营户的各项合法权利，并规定侵害其权益应承担的责任，明确规定侵害土地承包经营户权益者应承担的民事责任、行政责任和刑事责任。
杜绝土地承包合同发生和发展过程中的违法行为。
一些学者主张建立农村土地纠纷仲裁制度，专门处理涉及土地承包经营权的问题。还有学者指出，应完善农村的纠纷调解制度，以解决农村中的纠纷问题。
机动地的定义、作用以及管理问题。机动地是土地承包过程中为解决人地矛盾和减少承包地调整次数而保留的土地形式，由集体经济组织统一经营或招标承包经营。但机动地管理存在混乱，存在的问题包括机动地预留面积过大、发包不公平等。根本原因是人们对机动地的本质作用缺乏
土地承包经营权的定义、主体、法律保护、特征以及性质。土地承包经营权是公民或集体对集体所有或国家所有的土地进行承包经营的权利，受法律的保护。其特征在于其客体是特定的土地或自然资源，承包期限由合同约定，且其性质是一种与债权不同的新型物权。
土地权属变动及其登记手续的重要性。在土地权属变动后，必须依法办理变更登记手续，否则不发生权利变动的效果。案例分析了一宗土地调换协议纠纷，因未办理变更登记手续，法院判决协议虽有效但未实现土地互换，被告需承担赔偿责任。法律依据引述了相关规定并给出建议，当
关于办理土地使用证的法律规定。农民集体所有的土地和国有土地的使用权确认需要经过县级及以上人民政府的登记造册和核发证书。同时，林地、草原的所有权或使用权以及水面、滩涂的养殖使用权也有相应的法律规定。土地权属和用途的改变需要办理土地变更登记手续。
