2001年12月11日，中国正式成为世界贸易组织的成员。当年，我国农产品贸易总额为279亿美元，其中出口额为160.7亿美元，进口额为113.8亿美元。入世后的第一年，我国农产品市场没有受到过大的冲击。农产品出口额在大幅度增加的同时，进口额也有所上升。1-11月份，农产品贸易顺差为49.5亿美元，同比增长41%[1]。然而，到了2003年，农产品贸易出现了逆转。农产品进出口总额、出口额和进口额均创历史新高，但农产品顺差却下降了56.1%。这是自1990年以来我国农产品贸易顺差较少的年份[2]。2004年，我国农产品贸易进一步恶化，出现了首次逆差。虽然农产品进出口额继续保持双增长，但进口增幅已大大超过出口增幅。据官方统计，2004年我国农产品进出口贸易总额为514.2亿美元，其中，出口额为233.9亿美元，进口额为280.3亿美元，农产品贸易逆差达到46.4亿美元。这是我国入世后的第三年出现贸易逆差[2]。
入世的第一年，我国农产品贸易就遭遇了多个国家的贸易壁垒。欧盟以我国水产品中氯霉素含量超标为由，全面封杀了我国动物源性食品的出口，导致对欧盟畜产品出口降幅超过30%。同年，日本以中国产冷冻菠菜中的农药超标为由，通过新的《食品卫生法》全面禁止了中国某些蔬菜的进口。根据新的法律规定，日本政府在认为有必要时，可以对出口国家或厂商的食品采取禁止进口措施[3]。
除了欧盟和日本的贸易壁垒，其他国家也采取了一系列措施限制我国农产品的贸易。早在2000年，日本就对我国大葱、香菇和灯心草征收特别关税。这一农产品贸易争端最终由双方协商解决，但中国种植这三种作物的农民利益遭到了严重损失。此外，我国非市场经济地位问题的待定使得反倾销也成为其他成员国限制我国农产品贸易的常用手段。
随着国际农产品贸易市场的竞争加剧，各国贸易壁垒的种类繁多，不断创新。食品检验标准、国有贸易问题、基因工程作物以及劳工和环境标准等均构成了新的农产品贸易壁垒。特别是国外对中国农产品的健康安全问题提出了更高的要求，对我国农产品出口形势带来了不容乐观的影响。
尽管我国农产品出口形势有所好转，但总体贸易环境和发展形势仍不容乐观。
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