根据《保障农民工工资支付条例》的规定，对于未按照规定存储工资保证金的施工总承包单位，相关部门将采取以下处罚措施：
相关部门将责令施工总承包单位在一定期限内改正违规行为。
如果施工总承包单位逾期不改正，相关部门将责令项目停工。
施工总承包单位将面临5万元以上10万元以下的罚款。
对于情节严重的违规行为，相关部门将降低施工单位的相关资质等级。
如果农民工的工资被拖欠，以下是可以采取的申诉途径：
农民工可以通过电话投诉的方式向当地劳动执法监察大队举报，他们将根据《劳动保障监察条例》的规定对用人单位进行监督检查，并责令其支付拖欠的工资。
根据《劳动合同法》第三十条的规定，农民工可以向当地人民法院申请支付令，人民法院将依法发出支付令，要求用人单位支付拖欠的工资。
农民工可以直接向当地劳动行政部门申请劳动仲裁，通过劳动仲裁下达的裁决书，向单位索赔。如果单位仍不支付工资，农民工可以申请法院强制执行。
如果劳动仲裁不予受理或者仲裁结果不公正，农民工可以在15天内向法院提起民事诉讼，通过法院判决来执行工资支付。
根据劳动合同法第八十五条的规定，农民工可以要求单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向其加付赔偿金。
2012年初，农民工杨某某、熊某某、黄某某在某石材厂工作一年后，包工头何某某拖欠了他们4万元工资。牟定县人力资源和社会保障局对该石材厂进行了行政处罚，并要求限期支付工资
施工总承包单位未按规定存储工资保证金的，由相关部门给予责令限期改正;逾期不改正的，责令项目停工，并处5万元以上10万元以下的罚款等处罚，情节严重的，降低、吊销相关资质。
依据我国相关法律的规定，农村公路建设时拖欠农民工工资的，由有关交通运输主管部门或者由其向地方人民政府建议对责任单位进行通报批评，限期整改，情节严重的给予处罚。(一)在筹集农村公路建设资金过程中，强制单位和个人集资，强迫农民出工、备料的;(二)擅自降低征地
此时就需要根据犯罪情节进行定罪量刑。单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚;根据上文的具体介绍，我们可以知道，一般情况的拖欠农民工工资报酬的行为是不会受到刑事处罚的，但要是以转移财产、逃匿等方法
