破产抵销权是指债权人在破产清算前，可以将其对破产企业的债权与破产人对其的债务相互抵销的权利。不论债务是否已到期，债务标的和给付种类是否相同，债权人都可以行使抵销权，而不需要依照破产程序进行抵销。
别除权是指债权人在破产宣告前成立的有财产担保的债权，享有就该担保物优先受偿的权利。别除权将破产人特定的财产从破产财产中区别排除出来，授予债权人就该财产变卖所得价款优先其他债权人受偿的权利。
1. 对象不同：破产抵销权是针对债权人对破产企业的债务进行抵销，而别除权是针对破产人特定财产进行优先受偿。
2. 受偿顺序不同：破产抵销权的行使不影响债权人的受偿顺序，而别除权是债权人在破产清算前享有的特殊优先受偿权。
3. 受限程度不同：破产抵销权的行使不受破产程序的限制，而别除权在破产宣告前的和解整顿程序中受到一定的约束。
别除权是针对破产人特定财产行使的权利。根据《企业破产法》第28条规定，已作为担保物的财产不属于破产财产。别除权是对破产人财产中不属于破产财产的财产行使的权利。别除权的行使仅以担保物的价款为限，当债权数额超过担保物价款时，未受清偿的部分债权只能作为破产债权受偿。
别除权是一种优先受偿的权利，不同于破产债权仅具有公平受偿的权利。别除权的优先受偿不受破产财产多少的影响，即使破产财产不足以支付破产费用，破产程序终止，其债权也能得到实现。因为担保物不属于破产财产，不得用于支付破产费用。
别除权的行使不受破产程序的限制，与破产债权的公平清偿没有关联，互不影响。在破产宣告之后，别除权人可以单独就担保物优先受偿，清算组或其他债权人不得阻止或妨碍其行使权利。但别除权人在行使优先受偿权时，也应通过清算组进行，因为清算组是破产人财产的唯一合法管理机关。
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